Příprava a enzymatická inkorporace deoxyribonukleosid trifosfátů odvozených od pyrimido[4,5-b]indolu do DNA pomocí vybraných polymeras
Preparation and enzymatic incorporation of deoxyribonucleic triphosphates derived from pyrimido[4,5-b]indol to DNA using selected polymerases.
bachelor thesis (DEFENDED)

View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/84038Identifiers
Study Information System: 156187
Collections
- Kvalifikační práce [18908]
Author
Advisor
Referee
Hodek, Petr
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Biochemistry
Department
Department of Biochemistry
Date of defense
7. 9. 2015
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
Czech
Grade
Very good
Keywords (Czech)
DNA polymerasy, substrátová specifita, modifikované nukleové kyseliny, nukleotidyKeywords (English)
DNA polymerases, substrate specificity, modified nucleic acids, nucleotidesTato bakalářská práce se zabývá syntézou pyrimido[4,5-b]indolových 2'- deoxynukleosidů a jejich následnou trifosforylací. Celkem byly připraveny tři nové analogy 2'-deoxyadenosin trifosfátu s anelovaným benzenovým jádrem. Dále byla zkoumána schopnost vybraných DNA polymeras inkorporovat celkem čtyři modifikované 2'-deoxyribonukleotidy do oligonukleotidového řetězce pomocí tzv. primer extension (PEX) metody. Všechny modifikované 2'- deoxyribonukleotidy byly inkorporovány do oligonukleotidového řetězce, avšak úspěšnost následné elongace se lišila v závislosti na použité DNA polymerase a substituentu v poloze 6 ve struktuře substrátu. (In Czech) Klíčová slova nukleosidy, modifikované nukleotidy, DNA polymerasy, PEX reakce
This bachelor thesis deals with the synthesis of pyrimido[4,5-b]indole 2'- deoxyribonucleosides and their following trifosforylation. Overall there three new analogues 2'-deoxyadenosine triphosphate with benzen ring were prepared. Furthermore, the ability of DNA polymerase to incorporate in total four modified 2'-deoxyribonucleosides into the oligonucleotide strand by primer extension (PEX) method was observed. All the modified 2'-deoxyribonucleotides were incorporated into the oligonucleotide strand, however the success of the subsequent elongation was different accoring to the DNA polymerase that was used and according to the substitution in position 6 in the structure of substrate. Key words nucleosides, modified nucleotides, DNA polymerase, PEX reaction