Studium stability komplexu transkripčního faktoru s dsDNA v plynné a kapalné fázi
Stability study of the transcription factor and dsDNA complex in the gas and the liquid phases
diplomová práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/175200Identifikátory
SIS: 231287
Kolekce
- Kvalifikační práce [19109]
Autor
Vedoucí práce
Konzultant práce
Fiala, Jan
Oponent práce
Rozbeský, Daniel
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Biochemie
Katedra / ústav / klinika
Katedra biochemie
Datum obhajoby
31. 5. 2022
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Čeština
Známka
Výborně
Klíčová slova (česky)
transkripční faktor, DNA, nativní elektrosprej, měření pohyblivosti iontů, hmotnostní spektrometrieKlíčová slova (anglicky)
transcription factor, DNA, native electrospray, ion mobility, mass spectrometryIntegrativní strukturní biologie využívá nejen techniky s vysokým rozlišením, poskytující informaci o poloze jednotlivých atomů, i techniky s nízkým rozlišením nachází své uplatnění, protože informace o dynamických a heterogenních uspořádáních je konvenčními přístupy těžko dostupná. Díky senzitivitě, specificitě a versatilitě hmotnostní spektrometrie (MS) vznikla celá škála strukturních technik, založených právě na MS. Jedním ze směrů strukturní MS je nativní hmotnostní spektrometrie, která je založena na ionizaci nanoelektrosprejem z nedenaturujících rozpouštědel. Díky tomu je v plynné fázi zachována terciární i kvarterní struktura, a lze tudíž studovat nejen složení vzorku, ale s využitím iontové mobility (IM-MS) i konformaci biomolekul. Pomocí MS je tak možné přímo zachytit i perturbaci biomolekul, jako v případě aktivace zahříváním sprejovaného roztoku (vT-nESI). Cílem diplomové práce bylo studovat teplotní stabilitu protein-DNA komplexů DNA-vazebných domén transkripčních faktorů TEAD1 a FOXO4. Komplexy byly charakterizovány nativní MS a IM-MS s využitím aktivace zahříváním sprejovaného roztoku, pomocí aparatury vyvinuté v naší laboratoři. Nejprve byly vT-nESI stanoveny teploty tavení dvouvláknové DNA, odpovídající teoreticky vypočteným i experimentálně stanoveným hodnotám. Byla též popsána...
Integrative structural biology employs not only high-resolution techniques for the determination of the structure of biomolecules. Information about dynamical and heterogeneous assemblies is hardly achievable with conventional approaches. Therefore, low-resolution techniques are being utilized. As mass spectrometry (MS) is sensitive, specific, and versatile, there are a lot of structural techniques based on MS established. Native mass spectrometry is an approach that uses non-denaturing solvents for nanoelectrospray ionization, thus preserving tertiary and quaternary structures in the gas phase. Therefore, information on the composition of native biomolecules is obtained. Moreover, employing ion mobility (IM-MS) also provides structural insight. Using MS, we can directly analyze biomolecules perturbation, such as by variable-temperature nanoelectrospray ionization (vT-nESI). The aim of this master's thesis was to characterize the thermal stability of the protein-DNA complexes of TEAD1 and FOXO4 transcription factors DNA-binding domains. Complexes were studied using native MS and IM-MS employing an in-house developed vT-nESI source. First, vT-nESI was used to determine the melting temperatures of double-stranded DNA, which were in correspondence with those theoretically calculated and experimentally...