Vyvozování demografické historie populací z genomových dat

Abstract

V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, které se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně představuji průběh experimentu při vyvozování demografické historie populací, kde rozvádím jednotlivé kroky a uvádím přístupy a metody, které se v dnešní době využívají. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Dále čtenáře seznamuji s nejpoužívanějšími softwarovými balíčky pro vyvozování demografické historie populací a poskytuji jejich srovnání.

Currently, it is not difficult to obtain genomic data even from non-model organisms. These data can give us information about the demographic history of populations. Many statistical inference procedures have been developed to infer the demographic history of populations from genomic data, and I describe them in this thesis. In the introduction, I introduce the reader to important concepts in the analysis of the demographic history of populations. I then describe the different types of genomic data that can be used to infer the demographic history of populations. I then present the flow of an experiment in inferring the demographic history of populations, where I elaborate on the steps and present the approaches and methods that are used today. I provide a basic overview of the theory and logic behind each approach. I also introduce the reader the most commonly used software packages for inferring demographic histories of populations and provide a comparison between them.