Show simple item record

Inferring the demographic history of populations from genomic data
dc.contributor.advisorReifová, Radka
dc.creatorSimandlová, Sára
dc.date.accessioned2021-10-05T10:23:19Z
dc.date.available2021-10-05T10:23:19Z
dc.date.issued2021
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/149167
dc.description.abstractCurrently, it is not difficult to obtain genomic data even from non-model organisms. These data can give us information about the demographic history of populations. Many statistical inference methods have been developed to infer the demographic history of populations from genomic data, which I describe in this bachelor thesis. At first, I introduce the reader to important concepts in analyzing the demographic history of populations. I then describe the different types of genomic data that can be used to infer the demographic history of populations. Next, I discuss statistical methods, which include methods based on site frequency spectrum data, methods using approximate Bayesian computation, methods for determining identity, and sequential Markov coalescent methods. I provide a basic overview of the theory and logic of each approach. I then present procedures for selecting inference methods. Keywords: population genetics, demographic inference, statistical inference, whole genome dataen_US
dc.description.abstractV současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, která se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně diskutuji statistické metody, mezi které patří metody založené na datech z frekvenčního spektra míst, metody využívající aproximační Bayesovský výpočet, metody pro určování identity a sekvenční Markovovy koalescenční metody. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Poté uvádím postupy při výběru vyvozovacích metod. Klíčová slova: populační genetika, demografická inference, statistická inference, celo- genomová datacs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectpopulation geneticsen_US
dc.subjectdemographic inferenceen_US
dc.subjectstatistical inferenceen_US
dc.subjectwhole genome dataen_US
dc.subjectpopulační genetikacs_CZ
dc.subjectdemografická inferencecs_CZ
dc.subjectstatistická inferencecs_CZ
dc.subjectcelogenomová datacs_CZ
dc.titleVyvozování demografické historie populací z genomových datcs_CZ
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2021
dcterms.dateAccepted2021-09-14
dc.description.departmentDepartment of Cell Biologyen_US
dc.description.departmentKatedra buněčné biologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId222267
dc.title.translatedInferring the demographic history of populations from genomic dataen_US
dc.contributor.refereeČerná Bolfíková, Barbora
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBioinformatikacs_CZ
thesis.degree.disciplineBioinformaticsen_US
thesis.degree.programBioinformatikacs_CZ
thesis.degree.programBioinformaticsen_US
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra buněčné biologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Cell Biologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBioinformatikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBioinformaticsen_US
uk.degree-program.csBioinformatikacs_CZ
uk.degree-program.enBioinformaticsen_US
thesis.grade.csNeprospěl/acs_CZ
thesis.grade.enFailen_US
uk.abstract.csV současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, která se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně diskutuji statistické metody, mezi které patří metody založené na datech z frekvenčního spektra míst, metody využívající aproximační Bayesovský výpočet, metody pro určování identity a sekvenční Markovovy koalescenční metody. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Poté uvádím postupy při výběru vyvozovacích metod. Klíčová slova: populační genetika, demografická inference, statistická inference, celo- genomová datacs_CZ
uk.abstract.enCurrently, it is not difficult to obtain genomic data even from non-model organisms. These data can give us information about the demographic history of populations. Many statistical inference methods have been developed to infer the demographic history of populations from genomic data, which I describe in this bachelor thesis. At first, I introduce the reader to important concepts in analyzing the demographic history of populations. I then describe the different types of genomic data that can be used to infer the demographic history of populations. Next, I discuss statistical methods, which include methods based on site frequency spectrum data, methods using approximate Bayesian computation, methods for determining identity, and sequential Markov coalescent methods. I provide a basic overview of the theory and logic of each approach. I then present procedures for selecting inference methods. Keywords: population genetics, demographic inference, statistical inference, whole genome dataen_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra buněčné biologiecs_CZ
thesis.grade.code4
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusN


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV