Vyvozování demografické historie populací z genomových dat

Abstract

V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, která se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně diskutuji statistické metody, mezi které patří metody založené na datech z frekvenčního spektra míst, metody využívající aproximační Bayesovský výpočet, metody pro určování identity a sekvenční Markovovy koalescenční metody. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Poté uvádím postupy při výběru vyvozovacích metod. Klíčová slova: populační genetika, demografická inference, statistická inference, celo- genomová data

Currently, it is not difficult to obtain genomic data even from non-model organisms. These data can give us information about the demographic history of populations. Many statistical inference methods have been developed to infer the demographic history of populations from genomic data, which I describe in this bachelor thesis. At first, I introduce the reader to important concepts in analyzing the demographic history of populations. I then describe the different types of genomic data that can be used to infer the demographic history of populations. Next, I discuss statistical methods, which include methods based on site frequency spectrum data, methods using approximate Bayesian computation, methods for determining identity, and sequential Markov coalescent methods. I provide a basic overview of the theory and logic of each approach. I then present procedures for selecting inference methods. Keywords: population genetics, demographic inference, statistical inference, whole genome data