Příprava Oryzasinu 1 pro štěpení proteinů v experimentech vodík/deuteriové výměny.
Preparation of Oryzasin 1 for protein digestion in hydrogen/deuterium exchange.
bakalářská práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/107054Identifikátory
SIS: 182276
Kolekce
- Kvalifikační práce [19109]
Autor
Vedoucí práce
Konzultant práce
Adámková, Lyubina
Oponent práce
Jurnečka, David
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Biochemie
Katedra / ústav / klinika
Katedra biochemie
Datum obhajoby
11. 6. 2019
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Čeština
Známka
Velmi dobře
Klíčová slova (česky)
Oryzasin 1, exprese proteinů, H, D výměnaKlíčová slova (anglicky)
Oryzasin 1, protein expression, H, D exchangeVodík/deuteriová výměna v kombinaci s hmotnostní spektrometrií (HXMS) je stále populárnější technikou strukturní biologie. Její prostorové rozlišení závisí na účinnosti fragmentace nebo proteolytickém štěpení studovaného proteinu. Z toho důvodu je snaha hledat nové proteasy, které by nejen byly schopné štěpit zkoumaný protein při podmínkách HXMS, ale také poskytovaly co největší pokrytí sekvence proteinu. Tato práce se zabývá nalezením optimálních podmínek produkce aspartátové proteasy Oryzasinu 1 pro potenciální použití v experimentech HXMS. Z dostupných plazmidů byly vybrány vhodné produkční klony, pomocí peptidového mapování byla ověřena identita produkovaného proteinu a následně byly nalezeny vhodné produkční podmínky. Na základě těchto výsledků bylo přistoupeno k produkci proteinu ve velkém objemu a k izolaci inkluzních tělísek. Klíčová slova: Oryzasin 1, proteasy, vodík/deuteriová výměna v kombinaci s hmotnostní spektrometrií (HXMS)
Hydrogen/deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HXMS) is an increasingly popular technique in structural biology. Its spatial resolution strongly depends on the efficiency of the fragmentation or proteolytic cleavage of the studied protein. Therefore, it is desired to search for new proteases that would not only be able to digest the protein of interest under the HXMS conditions, but also to provide the best possible coverage of the protein sequence. Finding optimal conditions for production of Oryzasin 1 aspartate protease for its potential use in HXMS experiments was done in this thesis. Selected production clones were selected from available plasmids, the identity of the produced protein was verified by peptide mapping, and optimal production conditions were found. Based on these results, large-scale protein production and inclusion body isolation were undertaken. (In Czech) Keywords: Oryzasin 1, proteases, hydrogen/deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HXMS)