Příprava Oryzasinu 1 pro štěpení proteinů v experimentech vodík/deuteriové výměny.
Preparation of Oryzasin 1 for protein digestion in hydrogen/deuterium exchange.
bachelor thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/107054Identifiers
Study Information System: 182276
Collections
- Kvalifikační práce [19114]
Author
Advisor
Consultant
Adámková, Lyubina
Referee
Jurnečka, David
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Biochemistry
Department
Department of Biochemistry
Date of defense
11. 6. 2019
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
Czech
Grade
Very good
Keywords (Czech)
Oryzasin 1, exprese proteinů, H, D výměnaKeywords (English)
Oryzasin 1, protein expression, H, D exchangeVodík/deuteriová výměna v kombinaci s hmotnostní spektrometrií (HXMS) je stále populárnější technikou strukturní biologie. Její prostorové rozlišení závisí na účinnosti fragmentace nebo proteolytickém štěpení studovaného proteinu. Z toho důvodu je snaha hledat nové proteasy, které by nejen byly schopné štěpit zkoumaný protein při podmínkách HXMS, ale také poskytovaly co největší pokrytí sekvence proteinu. Tato práce se zabývá nalezením optimálních podmínek produkce aspartátové proteasy Oryzasinu 1 pro potenciální použití v experimentech HXMS. Z dostupných plazmidů byly vybrány vhodné produkční klony, pomocí peptidového mapování byla ověřena identita produkovaného proteinu a následně byly nalezeny vhodné produkční podmínky. Na základě těchto výsledků bylo přistoupeno k produkci proteinu ve velkém objemu a k izolaci inkluzních tělísek. Klíčová slova: Oryzasin 1, proteasy, vodík/deuteriová výměna v kombinaci s hmotnostní spektrometrií (HXMS)
Hydrogen/deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HXMS) is an increasingly popular technique in structural biology. Its spatial resolution strongly depends on the efficiency of the fragmentation or proteolytic cleavage of the studied protein. Therefore, it is desired to search for new proteases that would not only be able to digest the protein of interest under the HXMS conditions, but also to provide the best possible coverage of the protein sequence. Finding optimal conditions for production of Oryzasin 1 aspartate protease for its potential use in HXMS experiments was done in this thesis. Selected production clones were selected from available plasmids, the identity of the produced protein was verified by peptide mapping, and optimal production conditions were found. Based on these results, large-scale protein production and inclusion body isolation were undertaken. (In Czech) Keywords: Oryzasin 1, proteases, hydrogen/deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HXMS)