Vývoj vybraných CD znaků a jejich role ve fylogenezi imunitního systému člověka
Development of selected CD markers and their role in the phylogenesis of human immune system
bakalářská práce (OBHÁJENO)

Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/98297Identifikátory
SIS: 198699
Kolekce
- Kvalifikační práce [20326]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Vinkler, Michal
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Molekulární biologie a biochemie organismů
Katedra / ústav / klinika
Katedra buněčné biologie
Datum obhajoby
1. 6. 2018
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Čeština
Známka
Velmi dobře
Klíčová slova (česky)
CD znak, imunocyt, B lymfocyt, vrozená a adaptivní imunita, databáze sekvencí, aminokyselina, nukleotidKlíčová slova (anglicky)
CD marker, immunocyte, B lymphocyte, innate and adaptive immunity, sequence database, amino acid, nucleotideV první části práce byl zjišťován původ vybraných povrchových CD znaků člověka, konkrétně molekul CD19, CD20, CD21, CD24, CD27 a CD38. Dále byly v práci mezidruhově porovnávány sekvence nukleotidů a aminokyselin těchto molekul pomocí in silico přístupu. Využity byly bioinformatické databáze sekvencí vybraných molekul na úrovni DNA, mRNA a proteinu, například GeneBank, NCBI BLAST, Homologene a OrthoDB. Záměrem bylo na doménové úrovni identifikovat nejpůvodnější organismy, u nichž lze sledovaný protein poprvé nalézt. V N-koncové doméně molekuly CD38 ptáků byla nalezena sekvence vykazující významnou podobnost s archebakteriální flagelinovou doménou. Tato flagelinová sekvence se u ptačí molekuly CD38 nachází v oblasti transmembránové domény, což naznačuje, že výskyt této sekvence mohl se vznikem tramsmembránové domény souviset. Použitý postup by bylo možné zařadit do komparativních hybridizačních studií jako nástroj v přípravné nelaboratorní fázi výzkumu existence paralogů a ortologů u fylogeneticky starých druhů. Klíčová slova: CD znak, imunocyt, B lymfocyt, vrozená a adaptivní imunita, databáze sekvencí, aminokyselina, nukleotid
In the first part of the thesis we investigated the origin of selected surface CD markers of human, namely CD19, CD20, CD21, CD24, CD27 and CD38 molecules. In addition, nucleotide and amino acid sequences of these molecules were compared using in silico approach. Bioinformatic databases of sequences of selected molecules at DNA, mRNA and protein level, such as GeneBank, NCBI BLAST, Homologene and OrthoDB, have been used. The intent was to identify at the domain level the first organism in which it is possible to find the searched molecule. At the N-terminal domain of the CD38 of birds, a sequence showing significant similarity to the archaebacterial flagellin domain was found. This flagellin sequence in the CD38 avian molecule is located in the region of transmembrane domain, indicating that the occurrence of this sequence might be related to the formation of the transmembrane domain. The approach used here could be implemented in comparative hybridization studies as a tool in the preparatory non-laboratory phase of the research of the presence of paralogs and orthologs in phylogenetically old species. Keywords: CD marker, immunocyte, B lymphocyte, innate and adaptive immunity, sequence database, amino acid, nucleotide