Development of web-based interface for visualization of protein-ligand interaction sites and their conservation
Vývoj webového rozhraní pro vizualizaci predikce protein-ligand interakčních míst a jejich konzervovanosti
bachelor thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/86125Identifiers
Study Information System: 189243
Collections
- Kvalifikační práce [10932]
Author
Advisor
Referee
Škoda, Petr
Faculty / Institute
Faculty of Mathematics and Physics
Discipline
General Computer Science
Department
Department of Software Engineering
Date of defense
20. 6. 2017
Publisher
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaLanguage
English
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
bioinformatika, protein, protein-ligand interakce, GUI, webKeywords (English)
bioinformatics, protein, protein-ligand interaction, GUI, webBílkoviny jsou základními stavebními kameny všech živých organismů. Fun- gují na základě interakcí s jinými molekulami. Tato práce se zabývá vazebnými místy mezi proteiny a malými molekulami, zejména protože většina současných léků jsou právě malé molekuly. Zatímco nástrojů na predikci těchto vazebných míst je mnoho, počet nástrojů na jejich vizualizaci je téměř nulový. Spojením několika projektů zabývajících se zobrazením proteinů jsme vytvořili nový vizua- lizační web. Jelikož evoluční konzervovanost koreluje s výskytem vazebných míst, umožňujeme její zobrazení společně s detekovanými vazebnými místy. Vyvinuli jsme několik metod pro výpočet konzervovanosti a použili je v experimentech pro zlepšení detekce vazebných míst. Zde představujeme PrankWeb, moderní webo- vou aplikaci pro vizualizaci struktury a sekvence proteinů, jejich vazebných míst a konzervovanosti. Doufáme, že PrankWeb bude vědcům poskytovat rychlý a po- hodlný prostředek pro analýzu bílkovin. 1
Proteins are fundamental building blocks of all living organisms. They perform their function by binding to other molecules. This thesis deals with interactions between proteins and small molecules (so called ligands) because most of the currently used drugs are small molecules. While there are several tools that can predict these interactions, they are almost none for their visualization. Thus, we built a new visualization website by combining several protein visualizers toge- ther. Since evolutionary homology correlates with binding sites, our web interface also displays homology for comparison. We developed several ways how to calcu- late homology, and used it to improve detection of protein-ligand binding sites in our experiments. Here we present PrankWeb, a modern web application for structure and sequence visualization of a protein and its protein-ligand binding sites as well as evolutionary homology. We hope that it will provide a quick and convenient way for scientists to analyze proteins. 1
Citace dokumentu
Metadata
Show full item recordRelated items
Showing items related by title, author, creator and subject.
-
Applications of graph theory in protein function prediction
Defence status: DEFENDEDKalábová, Nikola (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2021)Date of defense: 8. 6. 2021Rapidní vývoj celogenomových sekvenačních metod a jejich snižující se cena za- příčinila existenci velkého množství osekvenovaných genomů. Vývoj spolehlivých in-silico metod pro anotaci rychle rostoucího počtu osekvenovaných ... -
Funkční studie potenciální nukleotidázy kódované genem spr1057 Streptococcus pneumoniae, homologa proteinu YjjG E. coli
Defence status: DEFENDEDVacková, Zuzana (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2010)Date of defense: 31. 5. 2010ČESKÝ ABSTRAKT Funkční studie potenciální nukleotidasy kódované genem spr1057 v Streptococcus pneumoniae, homologa proteinu YjjG Escherichia coli. Bakteriální buňky jsou neustále vystavovány nespočetným toxickým látkám, ... -
Role of the ubiquitin-like protein, Hub1, in the pre-mRNA splicing regulation
Defence status: DEFENDEDHubáčková, Tereza (Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, 2018)Date of defense: 4. 6. 2018Splicing is a key step of eukaryotic gene expression and as well as other steps of this vital process, splicing has to be tightly regulated. Hub1 protein is a ubiquitin-like protein which noncovalently interacts with ...