Využití sekvenačních metod nové generace pro objasnění fenotypu podobného CF u pacientů s nejasnou molekulární podstatou onemocnění.

Abstract

Cystická fibróza (CF) je geneticky podmíněné, autozomálně recesivní onemocnění, které se vyskytuje s prevalencí v evropské populaci přibližně 1:2500 - 1:1800. U tohoto onemocnění dochází k mutaci v CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) genu s následnou poruchou chloridových kanálů. U takto postižených jedinců pozorujeme zejména chronické dýchací obtíže, pankreatickou insuficienci, vysokou koncentraci chloridových iontů v potu a obstruktivní azospermii. Genetické vyšetření CFTR genu je indikováno u jedinců, kteří splňují klinický obraz CF a mají pozitivní potní test (zvýšená koncentrace chloridů v potu). Genetické vyšetření CFTR genu se většinou provádí pomocí komerčních kitů detekujících nejčastější mutace CFTR genu na území České republiky. Při negativním nálezu je dále prováděna metoda MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification), která zachycuje rozsáhlejší delece a duplikace v genu. V případě negativního nálezu se provádí sekvenace všech exonů CFTR genu. I přes velmi dobře zavedený algoritmus vyšetření zůstávají někteří pacienti trpící projevy CF bez objasnění příčiny jejich onemocnění na genetické úrovni. Díky rozvoji sekvenování nové generace je možné diagnostiku CF zefektivnit a odhalit varianty, které nebyly zachyceny předešlými metodami.

Cystic fibrosis (CF) is genetically conditioned, autosomal recessive disease that occurs in the European population with a prevalence of about 1:2500 - 1:1800. In this disease we observe a mutation of the CTFR gene with subsequent fault in chloride channels. Such afflicted individuals usually suffer from chronic respiratory problems, pancreatic insufficiency, high concentration of chloride ions in sweat and obstructive azoospermia. Genetic testing of CFTR gene is indicated in individuals who meet the CF clinical picture and a positive sweat test (increased concentration of chlorides in the sweat). Genetic testing of the CFTR gene is usually done by using commercial kits detecting the most common mutations of the CFTR gene in the Czech Republic. If the testing results are negative, it is further performed an MLPA method that captures the larger deletions and duplications of gene, eventually a sequencing of all exons is. Despite the well-established algorithm of the testing, some patients suffering from symptoms of CF are left without genetic findings. Thanks to development of next generation sequencing, it is possible to make the diagnosis of CF more effective and uncover the variants that were not captured by previous methods.