Sumarizace genových expresních čipů z volně žijících druhů

Abstract

Pro zkoumání exprese exonů a genů v organismech se používají genové expresní čipy. Genové expresní čipy jsou vytvořeny podle genomů laboratorních kmenů modelových organismů. Pro zpracování naměřených dat se používají sumariza- ční algoritmy, nejčastěji gcRMA, PLIER nebo IterPLIER. Při použití expres- ních čipů pro zkoumání volně žijících druhů jsou naměřené hodnoty ovlivněny rozdílností genomů zkoumaných a modelových organismů. Navrhujeme zlepšení výsledků vyřazením částí genomu ovlivněných známými rozdíly mezi druhy ze sumarizace. Odstranění ovlivněných částí může zlepšit sumarizaci, především na exonové úrovni. 1

Gene expression arrays are used to assess expression of exons and genes of orga- nisms. The design of expression arrays is based on a genome of laboratory strains of model organisms. The most frequent summarization algorithms used to pro- cess data from measurements are gcRMA, PLER and IterPLIER. When using expression arrays to research free living species, the measured values are influen- ced by differences in genomes of free living and model organisms. We propose a method to improve the results by removing parts of genomes influenced by known differences between species from the summarization. Removing influenced parts can improve summarization, especially on exon level. 1