Využití protilátek k charakterizaci chromatinových modifikací u Saccharomyces cerevisiae

Abstract

Transcription of precursor mRNA (pre-mRNA) and its splicing were originally conceived as two separate processes. Using Saccharomyces cerevisiae as a model, it was shown that the assembly of the complex catalyzing pre-mRNA splicing (spliceosome) can occur cotranscriptionally, i. e., during the time before the termination of transcription by RNA polymerase II. Research on cotranscriptional splicing revealed that proteins involved in transcription and specific chromatin modifications may affect pre-mRNA splicing and its regulation. It is also possible that spliceosome assembly and chromatin modifications can affect each other. Prp45, the yeast ortholog of the human transcription coregulator SKIP/SNW1, has been previously associated only with splicing. The results obtained in our laboratory suggest that Prp45 could be used as a regulator coupling the processes of transcription and splicing. We have shown that PRP45 has genetic interactions with factors important for transcription elongation, as well as chromatin modifications, and that it affects early stage of spliceosome assembly. The aim of this bachelor project was document the relationship between the physiological role of Prp45 and H3K4 trimethylation using chromatin immunoprecipitation. It was found that prp45(1-169) mutation does not markedly...

Transkripce prekurzorové mRNA (pre-mRNA) a její sestřih byly donedávna vnímány jako dva na sobě nezávislé procesy. Na modelu Saccharomyces cerevisiae bylo ukázáno, že sestavovaní komplexu katalyzujícího sestřih pre-mRNA, spliceosomu, probíhá kotranskripčně, tedy v době před ukončením transkripce RNA polymerasou II. Studiem kotranskripčního sestřihu se zjistilo, že proteiny účastnící se transkripce a specifické chromatinové modifikace mohou ovlivňovat sestřih pre-mRNA a jeho regulaci. Uvažuje se rovněž, že sestavování spliceosomu a modifikace chromatinu se vzájemně ovlivňují. Protein Prp45, kvasinkový ortholog lidského transkripčního koregulátoru SKIP/SNW1, byl v literatuře dosud spojován pouze se sestřihem. Nepublikované výsledky získané v naší laboratoři naznačují, že by Prp45 mohl sloužit jako regulátor spřahující procesy transkripce a sestřihu. Ukázali jsme, že PRP45 geneticky interaguje s faktory důležitými pro elongaci transkripce, mimo to i s enzymy katalyzujícími chromatinové modifikace, a že protein Prp45 ovlivňuje sestavování spliceosomu v časné fázi sestřihu pre-mRNA. Cílem bakalářského projektu bylo pomocí metody chromatinové imunoprecipitace sledovat propojení fyziologické role proteinu Prp45 a trimethylace H3K4. Bylo zjištěno, že mutace prp45(1-169) výrazně neovlivňuje profil...