Show simple item record

Use of antibodies for the characterization of chromatin modifications in Saccharomyces cerevisiae
dc.contributor.advisorHodek, Petr
dc.creatorKovaľová, Libuša
dc.date.accessioned2021-03-25T08:27:54Z
dc.date.available2021-03-25T08:27:54Z
dc.date.issued2015
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/61853
dc.description.abstractTranscription of precursor mRNA (pre-mRNA) and its splicing were originally conceived as two separate processes. Using Saccharomyces cerevisiae as a model, it was shown that the assembly of the complex catalyzing pre-mRNA splicing (spliceosome) can occur cotranscriptionally, i. e., during the time before the termination of transcription by RNA polymerase II. Research on cotranscriptional splicing revealed that proteins involved in transcription and specific chromatin modifications may affect pre-mRNA splicing and its regulation. It is also possible that spliceosome assembly and chromatin modifications can affect each other. Prp45, the yeast ortholog of the human transcription coregulator SKIP/SNW1, has been previously associated only with splicing. The results obtained in our laboratory suggest that Prp45 could be used as a regulator coupling the processes of transcription and splicing. We have shown that PRP45 has genetic interactions with factors important for transcription elongation, as well as chromatin modifications, and that it affects early stage of spliceosome assembly. The aim of this bachelor project was document the relationship between the physiological role of Prp45 and H3K4 trimethylation using chromatin immunoprecipitation. It was found that prp45(1-169) mutation does not markedly...en_US
dc.description.abstractTranskripce prekurzorové mRNA (pre-mRNA) a její sestřih byly donedávna vnímány jako dva na sobě nezávislé procesy. Na modelu Saccharomyces cerevisiae bylo ukázáno, že sestavovaní komplexu katalyzujícího sestřih pre-mRNA, spliceosomu, probíhá kotranskripčně, tedy v době před ukončením transkripce RNA polymerasou II. Studiem kotranskripčního sestřihu se zjistilo, že proteiny účastnící se transkripce a specifické chromatinové modifikace mohou ovlivňovat sestřih pre-mRNA a jeho regulaci. Uvažuje se rovněž, že sestavování spliceosomu a modifikace chromatinu se vzájemně ovlivňují. Protein Prp45, kvasinkový ortholog lidského transkripčního koregulátoru SKIP/SNW1, byl v literatuře dosud spojován pouze se sestřihem. Nepublikované výsledky získané v naší laboratoři naznačují, že by Prp45 mohl sloužit jako regulátor spřahující procesy transkripce a sestřihu. Ukázali jsme, že PRP45 geneticky interaguje s faktory důležitými pro elongaci transkripce, mimo to i s enzymy katalyzujícími chromatinové modifikace, a že protein Prp45 ovlivňuje sestavování spliceosomu v časné fázi sestřihu pre-mRNA. Cílem bakalářského projektu bylo pomocí metody chromatinové imunoprecipitace sledovat propojení fyziologické role proteinu Prp45 a trimethylace H3K4. Bylo zjištěno, že mutace prp45(1-169) výrazně neovlivňuje profil...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectAntibodiesen_US
dc.subjectqPCRen_US
dc.subjecthistoneen_US
dc.subjectyeasten_US
dc.subjectProtilátkycs_CZ
dc.subjectqPCRcs_CZ
dc.subjecthistoncs_CZ
dc.subjectkvasinkacs_CZ
dc.titleVyužití protilátek k charakterizaci chromatinových modifikací u Saccharomyces cerevisiaecs_CZ
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2015
dcterms.dateAccepted2015-06-08
dc.description.departmentDepartment of Biochemistryen_US
dc.description.departmentKatedra biochemiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId158654
dc.title.translatedUse of antibodies for the characterization of chromatin modifications in Saccharomyces cerevisiaeen_US
dc.contributor.refereeMalík, Radek
dc.identifier.aleph002026259
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemiecs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemistryen_US
thesis.degree.programBiochemistryen_US
thesis.degree.programBiochemiecs_CZ
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra biochemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Biochemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enBiochemistryen_US
uk.degree-program.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-program.enBiochemistryen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csTranskripce prekurzorové mRNA (pre-mRNA) a její sestřih byly donedávna vnímány jako dva na sobě nezávislé procesy. Na modelu Saccharomyces cerevisiae bylo ukázáno, že sestavovaní komplexu katalyzujícího sestřih pre-mRNA, spliceosomu, probíhá kotranskripčně, tedy v době před ukončením transkripce RNA polymerasou II. Studiem kotranskripčního sestřihu se zjistilo, že proteiny účastnící se transkripce a specifické chromatinové modifikace mohou ovlivňovat sestřih pre-mRNA a jeho regulaci. Uvažuje se rovněž, že sestavování spliceosomu a modifikace chromatinu se vzájemně ovlivňují. Protein Prp45, kvasinkový ortholog lidského transkripčního koregulátoru SKIP/SNW1, byl v literatuře dosud spojován pouze se sestřihem. Nepublikované výsledky získané v naší laboratoři naznačují, že by Prp45 mohl sloužit jako regulátor spřahující procesy transkripce a sestřihu. Ukázali jsme, že PRP45 geneticky interaguje s faktory důležitými pro elongaci transkripce, mimo to i s enzymy katalyzujícími chromatinové modifikace, a že protein Prp45 ovlivňuje sestavování spliceosomu v časné fázi sestřihu pre-mRNA. Cílem bakalářského projektu bylo pomocí metody chromatinové imunoprecipitace sledovat propojení fyziologické role proteinu Prp45 a trimethylace H3K4. Bylo zjištěno, že mutace prp45(1-169) výrazně neovlivňuje profil...cs_CZ
uk.abstract.enTranscription of precursor mRNA (pre-mRNA) and its splicing were originally conceived as two separate processes. Using Saccharomyces cerevisiae as a model, it was shown that the assembly of the complex catalyzing pre-mRNA splicing (spliceosome) can occur cotranscriptionally, i. e., during the time before the termination of transcription by RNA polymerase II. Research on cotranscriptional splicing revealed that proteins involved in transcription and specific chromatin modifications may affect pre-mRNA splicing and its regulation. It is also possible that spliceosome assembly and chromatin modifications can affect each other. Prp45, the yeast ortholog of the human transcription coregulator SKIP/SNW1, has been previously associated only with splicing. The results obtained in our laboratory suggest that Prp45 could be used as a regulator coupling the processes of transcription and splicing. We have shown that PRP45 has genetic interactions with factors important for transcription elongation, as well as chromatin modifications, and that it affects early stage of spliceosome assembly. The aim of this bachelor project was document the relationship between the physiological role of Prp45 and H3K4 trimethylation using chromatin immunoprecipitation. It was found that prp45(1-169) mutation does not markedly...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemiecs_CZ
thesis.grade.code1
dc.contributor.consultantFolk, Petr
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV