Show simple item record

Monitoring of Mycobacterium smegmatis floating biofilm development - morphological and proteome analysis
dc.contributor.advisorWeiser, Jaroslav
dc.creatorSochorová, Zuzana
dc.date.accessioned2017-05-07T05:14:47Z
dc.date.available2017-05-07T05:14:47Z
dc.date.issued2012
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/42349
dc.description.abstractMikroorganismy se mohou vyskytovat v planktonní formě nebo mohou ulpívat na povrchu a vytvářet trojrozměrné útvary zvané biofilmy. Plovoucí biofilmy, tvořené na rozhraní prostředí voda-vzduch, jsou jednou z životních strategií, kterou se mohou bakterie ubírat. Při studiu tohoto typu biofilmu nám jako laboratorní model sloužil nepatogenní druh Mycobacterium smegmatis. Pochopení mechanismů tohoto druhu by mohlo být aplikovatelné i na patogenní zástupce rodu Mycobacterium, jejichž studium obnáší v laboratorních podmínkách řadu nevýhod. Tato diplomová práce se zabývá morfologickou a proteomovou analýzou plovoucího biofilmu M. smegmatis. S využitím binokulární lupy a skenovací elektronové mikroskopie bylo pozorováno, že se bakterie na počátku tvorby biofilmu shlukují a vytváří tzv. "nukleační centra", ze kterých dochází k postupnému rozrůstání biofilmu do okolí. V pozdějších fázích vývoje dochází k jejich postupnému splynutí a vytvoření jednolité vrstvy, která s dalším vývojem sílí a utváří se vícevrstevnatý biofilm. Stěžejní metodou této práce byla dvourozměrná elektroforéza proteinů. S její pomocí byla provedena proteomová analýza plovoucího biofilmu. Před samotným provedením 2D elektroforézy bylo nutné optimalizovat přípravu proteinových vzorků a měření jejich koncentrace. Stejně jako u morfologické...cs_CZ
dc.description.abstractMicroorganisms grow in planktonic form, but more often they adhere to a number of surfaces and create three-dimensional structures called biofilms. Floating biofilms, which are formed at the water-air interface, are one of the life strategies, which the bacteria can take. Non-pathogenic Mycobacterium smegmatis was used as a laboratory model for the study of this kind of biofilm. The understanding of mechanisms of their formation of this species may be applicable to the pathogenic species of the genus Mycobacterium, study of which in the laboratory brings a number of disadvantages. This diploma thesis focuses on the morphological and proteome analysis of the M. smegmatis floating biofilm. Using a stereo microscope and scanning electron microscopy was observed that bacteria clump and create the "nucleation centres" at the beginning of the biofilm development. This centers grow to the surroundings and connect afterwards. In the later stages of the development the centers fuse in compact layer, which then grows into the compact and multilayer biofilm. The key method in this study was two-dimensional electrophoresis of proteins. The proteome analysis of floating biofilm was performed with this method. The preparation of protein samples and the method for protein concentration measurement was optimized....en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectMykobakteriecs_CZ
dc.subjectplovoucí biofilmcs_CZ
dc.subjectMycobacterium smegmatiscs_CZ
dc.subjectvývoj biofilmucs_CZ
dc.subjectmorfologiecs_CZ
dc.subjectskenovací elektronová mikroskopiecs_CZ
dc.subjectproteomikacs_CZ
dc.subjectproteinycs_CZ
dc.subjectskleněné mikrokuličkycs_CZ
dc.subject2D elektroforézacs_CZ
dc.subjectMycobacteriaen_US
dc.subjectfloating biofilmen_US
dc.subjectMycobacterium smegmatisen_US
dc.subjectbiofilm developmenten_US
dc.subjectmorphologyen_US
dc.subjectscanning electron microscopyen_US
dc.subjectproteomicsen_US
dc.subjectproteinsen_US
dc.subjectglass microbeadsen_US
dc.subject2D electrophoresisen_US
dc.titleSledování tvorby plovoucího biofilmu Mycobacterium smegmatis - morfologická a proteomová analýzacs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2012
dcterms.dateAccepted2012-09-17
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId100827
dc.title.translatedMonitoring of Mycobacterium smegmatis floating biofilm development - morphological and proteome analysisen_US
dc.contributor.refereeZikánová, Blanka
dc.identifier.aleph001524990
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineMicrobiologyen_US
thesis.degree.disciplineMikrobiologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csMikrobiologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enMicrobiologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csMikroorganismy se mohou vyskytovat v planktonní formě nebo mohou ulpívat na povrchu a vytvářet trojrozměrné útvary zvané biofilmy. Plovoucí biofilmy, tvořené na rozhraní prostředí voda-vzduch, jsou jednou z životních strategií, kterou se mohou bakterie ubírat. Při studiu tohoto typu biofilmu nám jako laboratorní model sloužil nepatogenní druh Mycobacterium smegmatis. Pochopení mechanismů tohoto druhu by mohlo být aplikovatelné i na patogenní zástupce rodu Mycobacterium, jejichž studium obnáší v laboratorních podmínkách řadu nevýhod. Tato diplomová práce se zabývá morfologickou a proteomovou analýzou plovoucího biofilmu M. smegmatis. S využitím binokulární lupy a skenovací elektronové mikroskopie bylo pozorováno, že se bakterie na počátku tvorby biofilmu shlukují a vytváří tzv. "nukleační centra", ze kterých dochází k postupnému rozrůstání biofilmu do okolí. V pozdějších fázích vývoje dochází k jejich postupnému splynutí a vytvoření jednolité vrstvy, která s dalším vývojem sílí a utváří se vícevrstevnatý biofilm. Stěžejní metodou této práce byla dvourozměrná elektroforéza proteinů. S její pomocí byla provedena proteomová analýza plovoucího biofilmu. Před samotným provedením 2D elektroforézy bylo nutné optimalizovat přípravu proteinových vzorků a měření jejich koncentrace. Stejně jako u morfologické...cs_CZ
uk.abstract.enMicroorganisms grow in planktonic form, but more often they adhere to a number of surfaces and create three-dimensional structures called biofilms. Floating biofilms, which are formed at the water-air interface, are one of the life strategies, which the bacteria can take. Non-pathogenic Mycobacterium smegmatis was used as a laboratory model for the study of this kind of biofilm. The understanding of mechanisms of their formation of this species may be applicable to the pathogenic species of the genus Mycobacterium, study of which in the laboratory brings a number of disadvantages. This diploma thesis focuses on the morphological and proteome analysis of the M. smegmatis floating biofilm. Using a stereo microscope and scanning electron microscopy was observed that bacteria clump and create the "nucleation centres" at the beginning of the biofilm development. This centers grow to the surroundings and connect afterwards. In the later stages of the development the centers fuse in compact layer, which then grows into the compact and multilayer biofilm. The key method in this study was two-dimensional electrophoresis of proteins. The proteome analysis of floating biofilm was performed with this method. The preparation of protein samples and the method for protein concentration measurement was optimized....en_US
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.identifier.lisID990015249900106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV