Izolace a purifikace environmentální DNA z horizontu stavební skrývky: stratifikační studie

Abstract

Podle současných poznatků je půda nejbohatším zdrojem mikrobiální biomasy. Klasickými kultivačními metodami je dostupné pouze necelé jedno procento druhů. Půdní metagenomická DNA je souborem veškeré DNA obsažené ve vzorku půdy, včetně DNA z jinak nekultivovatelných mikroorganismů a umožňuje nám zkoumat molekulární aspekty nekultivovatelných mikroorganismů a tedy jinak nedostupných sekvencí nukleových kyselin. Tato práce je zaměřena na charakterizaci a izolaci půdní metagenomické DNA z hlubokého horizontu skrývky, její zhodnocení z hlediska izolace a technik rekombinantní DNA s následnou stratifikační studií. Získané vzorky půdy byly předběžně charakterizovány z hlediska kvality - obsah jílovitých součástí, huminových látek a hrubý počet mikroorganismů. Následně byla isolována půdní metagenomická DNA, která byla kvantitativní a kvalitativní analýzou charakterizována. Byla vyhodnocena použitá metodika, vhodnost izolátu pro další použití a vliv kvalit půdy na proceduru jako takovou. Podle výsledků analýzy byly vybrány DNA izolované ze tří vzorků a zpracovány na knihovnu fragmentů lokusů 16S rRNA na DNA. Vybrané fragmenty byly sekvenovány a zpracovány na fylogenetickou studii, u které byl dán zřetel na měnící se diverzitu mikroorganismů v závislosti na hloubce (stratifikační studie)

According to our contemporary knowledge soil is the most abundant source of microbial biomass. Unfortunately, only one percent of the microorganism species is available by classical cultivation techniques. Soil metagenomic DNA is a collection of the whole DNA including also uncultivated microorganism in the soil sample and provides information to study molecular aspects of microorganism and their DNA sequences inaccessible by other techniques. This work is focused on characterization and isolation of soil metagenomic DNA from deep horizon of capping. Evaluation in term of the isolation and techniques of recombination of DNA and stratification study are included in this work. Obtained collection of samples was preliminary characterized with the view of quality - content of clay, humic compounds and crude number of microorganism. The purified soil metagenomic DNA was quantitatively and qualitatively characterized for each sample. The quantification method and DNA quality determined the next applications and procedures of DNA techniques. Also the soil quality was discussed from this point of view. According to the results of DNA analysis, the three selected DNA samples were processed to DNA library with 16S rRNA DNA loci and after DNA sequencing analysis the phylogenetic study was performed. This...