Virom dolních močových cest

Abstract

The human urinary tract was considered to be a sterile environment for many years. However, studies over the past decade have shown that urine harbours rich microbial community which includes also viruses. Nevertheless, there is only very little known about urinary virome so far. Optimised Next Generation Sequencing (NGS) protocol was used to describe the urinary virome of three individuals. However, characterization of the virome from urine samples using NGS proved to be quite challenging, mainly due to observed viral genomes fragmentation. Despite this problem, it was possible to identify human endogenous retroviruses in all individuals and also JC polyomavirus in two of them. Quantitative PCR was further used to characterize part of the urinary virome represented by human DNA viruses. Possible differences in prevalence and viral load of human DNA viruses were observed in individuals with and without bladder carcinoma (bc). Urine of these patients was obtained from different sites of the urinary tract to further establish, if there is a difference in these samples. Torque Teno virus and JC polyomavirus were found as the most common viruses. Torque Teno virus was detected in 75 % patients with and 60 % patients without bc, JC polyomavirus in 43,8 % patients with and 50 % patients without bc. BK...

Lidský močový trakt byl dlouhou dobu pokládán za sterilní prostředí. V posledních letech se však ukázalo, že je osídlen rozmanitou mikrobiální komunitou, jejíž součástí jsou i viry. O viromu moči je toho ale prozatím známo jen velmi málo. V této práci byl virom močového traktu charakterizován u tří jedinců ze vzorků moči pomocí metodiky sekvenování nové generace (NGS), jež byla nejprve pro tento účel optimalizována. Charakteristika viromu ze vzorků moči pomocí NGS se však ukázala být poměrně problematická, což bylo zapříčiněno především fragmentací virových genomů. I přes to se podařilo u všech tří jedinců identifikovat lidské endogenní retroviry a u dvou z nich také JC polyomavirus. Složka viromu moči tvořená lidskými DNA viry byla dále blíže prozkoumána pomocí kvantitativní PCR. Možný rozdíl v zastoupení a virové náloži lidských DNA virů byl pozorován u pacientů s karcinomem močového měchýře (mm) a bez karcinomu mm a také v závislosti na části močového traktu, ze které byl vzorek odebrán. Nejvíce zastoupené viry byly Torque Teno virus a JC polyomavirus. Torque Teno virus byl detekován u 75 % pacientů s karcinomem mm a 60 % pacientů bez karcinomu, JC polyomavirus u 43,8 % pacientů s karcinomem mm a 50 % pacientů bez karcinomu. U 25 % pacientů s karcinomem mm a 20 % pacientů bez karcinomu se dále...