Show simple item record

Virom of lower urinary tracts
dc.contributor.advisorSaláková, Martina
dc.creatorCirbusová, Adéla
dc.date.accessioned2022-10-17T13:25:50Z
dc.date.available2022-10-17T13:25:50Z
dc.date.issued2022
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/176469
dc.description.abstractThe human urinary tract was considered to be a sterile environment for many years. However, studies over the past decade have shown that urine harbours rich microbial community which includes also viruses. Nevertheless, there is only very little known about urinary virome so far. Optimised Next Generation Sequencing (NGS) protocol was used to describe the urinary virome of three individuals. However, characterization of the virome from urine samples using NGS proved to be quite challenging, mainly due to observed viral genomes fragmentation. Despite this problem, it was possible to identify human endogenous retroviruses in all individuals and also JC polyomavirus in two of them. Quantitative PCR was further used to characterize part of the urinary virome represented by human DNA viruses. Possible differences in prevalence and viral load of human DNA viruses were observed in individuals with and without bladder carcinoma (bc). Urine of these patients was obtained from different sites of the urinary tract to further establish, if there is a difference in these samples. Torque Teno virus and JC polyomavirus were found as the most common viruses. Torque Teno virus was detected in 75 % patients with and 60 % patients without bc, JC polyomavirus in 43,8 % patients with and 50 % patients without bc. BK...en_US
dc.description.abstractLidský močový trakt byl dlouhou dobu pokládán za sterilní prostředí. V posledních letech se však ukázalo, že je osídlen rozmanitou mikrobiální komunitou, jejíž součástí jsou i viry. O viromu moči je toho ale prozatím známo jen velmi málo. V této práci byl virom močového traktu charakterizován u tří jedinců ze vzorků moči pomocí metodiky sekvenování nové generace (NGS), jež byla nejprve pro tento účel optimalizována. Charakteristika viromu ze vzorků moči pomocí NGS se však ukázala být poměrně problematická, což bylo zapříčiněno především fragmentací virových genomů. I přes to se podařilo u všech tří jedinců identifikovat lidské endogenní retroviry a u dvou z nich také JC polyomavirus. Složka viromu moči tvořená lidskými DNA viry byla dále blíže prozkoumána pomocí kvantitativní PCR. Možný rozdíl v zastoupení a virové náloži lidských DNA virů byl pozorován u pacientů s karcinomem močového měchýře (mm) a bez karcinomu mm a také v závislosti na části močového traktu, ze které byl vzorek odebrán. Nejvíce zastoupené viry byly Torque Teno virus a JC polyomavirus. Torque Teno virus byl detekován u 75 % pacientů s karcinomem mm a 60 % pacientů bez karcinomu, JC polyomavirus u 43,8 % pacientů s karcinomem mm a 50 % pacientů bez karcinomu. U 25 % pacientů s karcinomem mm a 20 % pacientů bez karcinomu se dále...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectlower urinary tracten_US
dc.subjectvirome,polyomavirusesen_US
dc.subjectpapillomavirusesen_US
dc.subjectngsen_US
dc.subjectdolní močové cestycs_CZ
dc.subjectviromcs_CZ
dc.subjectpolyomaviruscs_CZ
dc.subjectpapilomaviruscs_CZ
dc.subjectNGScs_CZ
dc.titleVirom dolních močových cestcs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2022
dcterms.dateAccepted2022-09-08
dc.description.departmentDepartment of Genetics and Microbiologyen_US
dc.description.departmentKatedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId220222
dc.title.translatedVirom of lower urinary tractsen_US
dc.contributor.refereeŠpanielová, Hana
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineGenetics, Molecular Biology and Virologyen_US
thesis.degree.disciplineGenetika, molekulární biologie a virologiecs_CZ
thesis.degree.programBiologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Genetics and Microbiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csGenetika, molekulární biologie a virologiecs_CZ
uk.degree-discipline.enGenetics, Molecular Biology and Virologyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csLidský močový trakt byl dlouhou dobu pokládán za sterilní prostředí. V posledních letech se však ukázalo, že je osídlen rozmanitou mikrobiální komunitou, jejíž součástí jsou i viry. O viromu moči je toho ale prozatím známo jen velmi málo. V této práci byl virom močového traktu charakterizován u tří jedinců ze vzorků moči pomocí metodiky sekvenování nové generace (NGS), jež byla nejprve pro tento účel optimalizována. Charakteristika viromu ze vzorků moči pomocí NGS se však ukázala být poměrně problematická, což bylo zapříčiněno především fragmentací virových genomů. I přes to se podařilo u všech tří jedinců identifikovat lidské endogenní retroviry a u dvou z nich také JC polyomavirus. Složka viromu moči tvořená lidskými DNA viry byla dále blíže prozkoumána pomocí kvantitativní PCR. Možný rozdíl v zastoupení a virové náloži lidských DNA virů byl pozorován u pacientů s karcinomem močového měchýře (mm) a bez karcinomu mm a také v závislosti na části močového traktu, ze které byl vzorek odebrán. Nejvíce zastoupené viry byly Torque Teno virus a JC polyomavirus. Torque Teno virus byl detekován u 75 % pacientů s karcinomem mm a 60 % pacientů bez karcinomu, JC polyomavirus u 43,8 % pacientů s karcinomem mm a 50 % pacientů bez karcinomu. U 25 % pacientů s karcinomem mm a 20 % pacientů bez karcinomu se dále...cs_CZ
uk.abstract.enThe human urinary tract was considered to be a sterile environment for many years. However, studies over the past decade have shown that urine harbours rich microbial community which includes also viruses. Nevertheless, there is only very little known about urinary virome so far. Optimised Next Generation Sequencing (NGS) protocol was used to describe the urinary virome of three individuals. However, characterization of the virome from urine samples using NGS proved to be quite challenging, mainly due to observed viral genomes fragmentation. Despite this problem, it was possible to identify human endogenous retroviruses in all individuals and also JC polyomavirus in two of them. Quantitative PCR was further used to characterize part of the urinary virome represented by human DNA viruses. Possible differences in prevalence and viral load of human DNA viruses were observed in individuals with and without bladder carcinoma (bc). Urine of these patients was obtained from different sites of the urinary tract to further establish, if there is a difference in these samples. Torque Teno virus and JC polyomavirus were found as the most common viruses. Torque Teno virus was detected in 75 % patients with and 60 % patients without bc, JC polyomavirus in 43,8 % patients with and 50 % patients without bc. BK...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologiecs_CZ
thesis.grade.code1
dc.contributor.consultantTachezy, Ruth
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2025 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV