Framework for retrieval and analysis of proteins apo and holo forms from PDB
Framework pro získání a analýzu apo- a holo- form proteinů z PDB
bachelor thesis (NOT DEFENDED)

View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/173259Identifiers
Study Information System: 232947
Collections
- Kvalifikační práce [18908]
Author
Advisor
Referee
Novotný, Marian
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Bioinformatics
Department
Department of Cell Biology
Date of defense
2. 6. 2022
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
English
Grade
Fail
Keywords (Czech)
protein, strukturní bioinformatika, PDBKeywords (English)
protein, structural bioinforamtics, PDBVyvinuli jsme softwarový framework, který umožňuje analyzovat a porovnávat apo (bez ligandu) a holo (s ligandem) strukturní formy proteinů přístupných v PDB. Software stáhne aktuální verzi PDB, rozdělí struktury do skupin stejných molekul a rozliší zda se jedná o apo či holo strukturní formu. Nakonec je možné analyzovat dvojice apo a holo struktur s ohledem na jejich odlišné strukturální charakteristiky. Kromě samotné softwarové práce prezentujeme výsledky vybraných analýz aktuální verze dat v PDB. Výsledky také ověřujeme oproti výchozímu výzkumu.
We developed a software framework that allows the analysis of ligand-free (apo) and ligand-bound (holo) forms of proteins that are accessible in PDB. The software downloads the current version of the PDB, divides the structures into groups of the same molecules, and these into apo and holo forms. Finally, it is possible to analyze pairs of apo and holo structures with respect to their different structural characteristics. In addition to the software work itself, we present the results of selected analyses of the current version of the data in the PDB. We also verify the results against previous work.