Framework for retrieval and analysis of proteins apo and holo forms from PDB

Abstract

We developed a software framework that allows the analysis of ligand-free (apo) and ligand-bound (holo) forms of proteins that are accessible in PDB. The software downloads the current version of the PDB, divides the structures into groups of the same molecules, and these into apo and holo forms. Finally, it is possible to analyze pairs of apo and holo structures with respect to their different structural characteristics. In addition to the software work itself, we present the results of selected analyses of the current version of the data in the PDB. We also verify the results against previous work.

Vyvinuli jsme softwarový framework, který umožňuje analyzovat a porovnávat apo (bez ligandu) a holo (s ligandem) strukturní formy proteinů přístupných v PDB. Software stáhne aktuální verzi PDB, rozdělí struktury do skupin stejných molekul a rozliší zda se jedná o apo či holo strukturní formu. Nakonec je možné analyzovat dvojice apo a holo struktur s ohledem na jejich odlišné strukturální charakteristiky. Kromě samotné softwarové práce prezentujeme výsledky vybraných analýz aktuální verze dat v PDB. Výsledky také ověřujeme oproti výchozímu výzkumu.