Sources, identification and removal of ChIP-seq artifacts

Abstract

Chromatinová immunoprecipitace se používá k obohacení sekvencí DNA, které jsou spojeny s požadovaným proteinem, a používá se k mapování těchto sekvencí na oblasti v genomu. Studium těchto vazebných míst proteinů na molekule DNA poskytuje pochopení genové regulace a remodelace chromatinu. Některé signály nepředstavují žádné vazebné místo a jsou známé jako falešné pozitivy. Tato práce se zaobírá hlavními zdroji falešně pozitivních signálů, které běžně vznikají při analýze ChIP-seq dat, a nabízí možná řešení pro jejich omezení nebo odfiltrování. Keywords: ChIP-seq, chromatinová imunoprecipitace, kontrola kvality, odfil- trování dat iv

Chromatin immunoprecipitation is used to enrich DNA sequences that are associ- ated with a protein of interest, and is used to map those sequences to the genomic regions. Studying these DNA-protein binding regions provides an understanding of gene regulation and chromatin remodeling. However, some signals in fact rep- resent no binding event and are known as false positives. This thesis discusses the main sources of false-positive signals that commonly arise during ChIP-seq analysis, and offers possible solutions on how to minimize or filter them. Keywords: ChIP-seq, chromatin imunoprecipitation, quality control, data filtra- tion iii