Porovnávání struktur RNA

Abstract

Sekvence RNA na rozdíl od DNA mohou vytvářet složité sekundární struktury. V předložené práci stanovujeme postupy pro automatické hledání podobností mezi sekvencemi RNA. Podobnosti chápeme nejen na základě sekvence bází tvořící RNA, ale též na základě jejich sekundárních struktur. Cílem práce je vymyslet a implementovat metody pro zkracování různorodých sekvencí, které jsou načteny z různých zdrojů. Definujeme pojmy strukturální alignment, strukturální profil a strukturální konsenzus, které jsou odpovídajícím rozšířením pojmů alignment sekvencí, profil sekvencí a konsenzus sekvencí. Součástí práce je aplikace RNAcut. Umí dávkově ořezat sekvence RNA na základě jejich primární a sekundární struktury a tím by měla usnadnit práci biologům. V aplikaci RNAcut implementujeme většinu algoritmů, které popisujeme v této práci.

RNA sequences creates complicated secondary structures, unlike DNA. In the presented work we state techniques for automatic similarity searching among RNA sequences. The similarity of RNA sequences we understand not only based on primary structure, but based on secondary structure as well. The goal of this work is to create techniques for cutting of various sequences, which are read from di®erent sources. We define terms as structural alignment, structural profile and structural consensus, which are a generalization of terms as sequence alignment, sequence profile and sequence consensus. Part of this work is an application RNAcut. It is able to cut RNA sequences based on its primary and secondary structure. In the application we implement most of algorithms, which are described in this work.