Show simple item record

Comparing RNA structures
dc.contributor.advisorMráz, František
dc.creatorZimmermann, Jan
dc.date.accessioned2017-04-06T10:56:21Z
dc.date.available2017-04-06T10:56:21Z
dc.date.issued2007
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/13093
dc.description.abstractSekvence RNA na rozdíl od DNA mohou vytvářet složité sekundární struktury. V předložené práci stanovujeme postupy pro automatické hledání podobností mezi sekvencemi RNA. Podobnosti chápeme nejen na základě sekvence bází tvořící RNA, ale též na základě jejich sekundárních struktur. Cílem práce je vymyslet a implementovat metody pro zkracování různorodých sekvencí, které jsou načteny z různých zdrojů. Definujeme pojmy strukturální alignment, strukturální profil a strukturální konsenzus, které jsou odpovídajícím rozšířením pojmů alignment sekvencí, profil sekvencí a konsenzus sekvencí. Součástí práce je aplikace RNAcut. Umí dávkově ořezat sekvence RNA na základě jejich primární a sekundární struktury a tím by měla usnadnit práci biologům. V aplikaci RNAcut implementujeme většinu algoritmů, které popisujeme v této práci.cs_CZ
dc.description.abstractRNA sequences creates complicated secondary structures, unlike DNA. In the presented work we state techniques for automatic similarity searching among RNA sequences. The similarity of RNA sequences we understand not only based on primary structure, but based on secondary structure as well. The goal of this work is to create techniques for cutting of various sequences, which are read from di®erent sources. We define terms as structural alignment, structural profile and structural consensus, which are a generalization of terms as sequence alignment, sequence profile and sequence consensus. Part of this work is an application RNAcut. It is able to cut RNA sequences based on its primary and secondary structure. In the application we implement most of algorithms, which are described in this work.en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.titlePorovnávání struktur RNAcs_CZ
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2007
dcterms.dateAccepted2007-09-11
dc.description.departmentKatedra softwaru a výuky informatikycs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Software and Computer Science Educationen_US
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.identifier.repId46460
dc.title.translatedComparing RNA structuresen_US
dc.contributor.refereeHoffmann, Petr
dc.identifier.aleph000853121
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineObecná informatikacs_CZ
thesis.degree.disciplineGeneral Computer Scienceen_US
thesis.degree.programComputer Scienceen_US
thesis.degree.programInformatikacs_CZ
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csMatematicko-fyzikální fakulta::Katedra softwaru a výuky informatikycs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Mathematics and Physics::Department of Software and Computer Science Educationen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csObecná informatikacs_CZ
uk.degree-discipline.enGeneral Computer Scienceen_US
uk.degree-program.csInformatikacs_CZ
uk.degree-program.enComputer Scienceen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csSekvence RNA na rozdíl od DNA mohou vytvářet složité sekundární struktury. V předložené práci stanovujeme postupy pro automatické hledání podobností mezi sekvencemi RNA. Podobnosti chápeme nejen na základě sekvence bází tvořící RNA, ale též na základě jejich sekundárních struktur. Cílem práce je vymyslet a implementovat metody pro zkracování různorodých sekvencí, které jsou načteny z různých zdrojů. Definujeme pojmy strukturální alignment, strukturální profil a strukturální konsenzus, které jsou odpovídajícím rozšířením pojmů alignment sekvencí, profil sekvencí a konsenzus sekvencí. Součástí práce je aplikace RNAcut. Umí dávkově ořezat sekvence RNA na základě jejich primární a sekundární struktury a tím by měla usnadnit práci biologům. V aplikaci RNAcut implementujeme většinu algoritmů, které popisujeme v této práci.cs_CZ
uk.abstract.enRNA sequences creates complicated secondary structures, unlike DNA. In the presented work we state techniques for automatic similarity searching among RNA sequences. The similarity of RNA sequences we understand not only based on primary structure, but based on secondary structure as well. The goal of this work is to create techniques for cutting of various sequences, which are read from di®erent sources. We define terms as structural alignment, structural profile and structural consensus, which are a generalization of terms as sequence alignment, sequence profile and sequence consensus. Part of this work is an application RNAcut. It is able to cut RNA sequences based on its primary and secondary structure. In the application we implement most of algorithms, which are described in this work.en_US
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Katedra softwaru a výuky informatikycs_CZ
dc.identifier.lisID990008531210106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV