Počítačové studium skládání proteinů na zjednodušených modelech

Abstract

Cílem práce je navrhnout a popsat vhodný zhrubený model proteinu, na jehož základě bude studován protein-folding. Model bude implementován jako počítačový program, jeho vývoj v čase bude zajišťovat Hamiltonian Monte Carlo. Pomocí simulace na počítači bude zkoumán jak protein-folding samotný, tak veličiny, které jej charakterizují a podobnost nativní konfigurace skutečného a námi simulovaného proteinu. Klíčová slova: skládání proteinů, počítačová simulace, Hamiltonian Monte Carlo, zhrubené modely 1

The aim of this work is to design and describe a suitable coarse-grained protein model, on the basis of which protein-folding will be studied. The model will be implemented as a computer program, development of the model in time will be simulated by Hamiltonian Monte Carlo. Using computer simulations, not only the protein-folding itself will be investigated, but also the quantities that characterize the process and the similarity of the real and simulated protein's native conformation. Keywords: protein folding, computer simulation, Hamiltonian Monte Carlo, coarse-grained model 1