Počítačové studium skládání proteinů na zjednodušených modelech
Computer study of protein folding using simplified models
bachelor thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/128340Identifiers
Study Information System: 221383
Collections
- Kvalifikační práce [19113]
Author
Advisor
Referee
Jirsák, Jan
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Chemistry
Department
Department of Physical and Macromolecular Chemistry
Date of defense
14. 7. 2021
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
Czech
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
skládání proteinů, počítačová simulace, Hamiltonian Monte Carlo, zhrubené modelyKeywords (English)
protein folding, computer simulation, Hamiltonian Monte Carlo, coarse-grained modelsCílem práce je navrhnout a popsat vhodný zhrubený model proteinu, na jehož základě bude studován protein-folding. Model bude implementován jako počítačový program, jeho vývoj v čase bude zajišťovat Hamiltonian Monte Carlo. Pomocí simulace na počítači bude zkoumán jak protein-folding samotný, tak veličiny, které jej charakterizují a podobnost nativní konfigurace skutečného a námi simulovaného proteinu. Klíčová slova: skládání proteinů, počítačová simulace, Hamiltonian Monte Carlo, zhrubené modely 1
The aim of this work is to design and describe a suitable coarse-grained protein model, on the basis of which protein-folding will be studied. The model will be implemented as a computer program, development of the model in time will be simulated by Hamiltonian Monte Carlo. Using computer simulations, not only the protein-folding itself will be investigated, but also the quantities that characterize the process and the similarity of the real and simulated protein's native conformation. Keywords: protein folding, computer simulation, Hamiltonian Monte Carlo, coarse-grained model 1