Exploring novel strategies targeting HBV
Nové přístupy cílené proti viru hepatitidy typu B
diploma thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/109793Identifiers
Study Information System: 198032
Collections
- Kvalifikační práce [20107]
Author
Advisor
Referee
Černý, Jan
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Immunology
Department
Department of Cell Biology
Date of defense
11. 9. 2019
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
English
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
HBV, HBc, kapsidový protein, proximitní biotinylaceKeywords (English)
HBV, HBc, core protein, proximity biotinylationPřestože již existuje účinná a bezpečná vakcína proti viru hepatitidy B, nemocnost a úmrtnost na tuto nemoc jsou stále vysoké. Klíčem k vývoji spolehlivé léčby je detailní znalost životního cyklu viru a funkcí všech jeho složek. V předkládané práci jsme zkoumali interaktom kapsidového proteinu viru hepatitidy B. Použitím identifikační metody závislé na proximitní biotinylaci (BioID) spojené s hmotnostní spektrometrií jsme identifikovali seznam potenciálních proteinových kandidátů, kteří jsou buď významně nabohaceni (celkem 105 proteinů) nebo méně zastoupeni v buňce v přítomnosti kapsidového proteinu HBV (40 proteinů). Seznam také zahrnuje známé proteiny interagující s kapsidovým proteinem HBV: SRPK1 a SRPK2 a protein p53, o jehož expresi je známo, že je potlačen v důsledku interakce kapsidového proteinu HBV s transkripčním faktorem E2F1. Mnoho z nově identifikovaných možných proteinů interagujících s kapsidovým proteinem HBV se podílí na biologických procesech, u kterých je již známo nebo u nichž existuje podezření, že jsou ovlivněny HBV, jako jsou translační a transportní procesy nebo genová exprese a produkce makromolekul. Tato práce komplexně charakterizuje interaktom kapsidového proteinu HBV v živých buňkách a může tedy sloužit jako spolehlivý začátek pro hloubkovou analýzu interakce...
An effective and safe vaccine against Hepatitis B virus already exists, yet morbidity and mortality of this illness are still high. The key to developing a reliable treatment is a deep knowledge of the virus' life cycle and functions of all its components. In the presented work we explored an interactome of the Core protein of the Hepatitis B virus. Using proximity-dependent biotin identification technique (BioID) coupled to mass spectrometry we have identified a list of potential candidates that are either significantly enriched (in total 105 proteins) or less abundant in the presence of the HBV Core protein in the cell (40 proteins). The list also includes known HBV Core interacting proteins SRPK1 and SRPK2, and p53 protein whose expression is known to be repressed due to the HBV Core interaction with the E2F1 transcription factor. Many of the newly identified possible HBV Core interacting proteins are involved in biological processes already known or are suspected to be influenced by the HBV such as translational and transporting processes or gene expression and macromolecule production. Overall, this work comprehensively characterizes the interaction landscape of the HBV Core protein in the live cells and might thus serve as a reliable start for in depth HBV-host interaction analysis. Key...