Webový nástroj pre vizualizáciu sekundárnej štruktúry RNA
Web-based tool for RNA secondary structure visualization
Webový nástroj pro vizualizaci sekundární struktury RNA
bakalářská práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/101196Identifikátory
SIS: 195337
Kolekce
- Kvalifikační práce [10690]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Škoda, Petr
Fakulta / součást
Matematicko-fyzikální fakulta
Obor
Softwarové a datové inženýrství
Katedra / ústav / klinika
Katedra softwarového inženýrství
Datum obhajoby
6. 9. 2018
Nakladatel
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaJazyk
Slovenština
Známka
Výborně
Klíčová slova (česky)
bioinformatika, RNA, skundární struktura, vizualizaceKlíčová slova (anglicky)
bioinformatics, RNA, secondary structure, visualizationVizualizácia sekundárnej štruktúry RNA je otvoreným problémom, pretože neexistuje presný popis ako ju vykresliť, zobrazenie akceptované komunitou je zvykové. Prístup implementovaný v nástroji Traveler, ktorý vznikol na Katedre softwarového inženýrství MFF UK, používa pre vizualizáciu šablónu v podobe inej, už existujúcej štruktúry. Prvá verzia programu mala však niekoľko nedostatkov znemožňujúcich jeho použitie. Cieľom tejto práce bolo vylepšiť Traveler a vytvoriť tak nástroj, ktorého používanie bude pre užívateľa prístupnejšie. Vylepšeniami sú schopnosť spracovávať pseudouzly, medziformát pre obrázky sekundárnych štruktúr a úprava algoritmu pre tvorbu layoutu. Ďalším cieľom práce bolo vytvoriť webovú aplikáciu, ktorá bude slúžiť ako užívateľské rozhranie. Vytvorená aplikácia je schopná sama vybrať šablónu pre cieľovú štruktúru a vizualizovať ju.
Visualization of RNA secondary structure is an open problem because there does not exist a well- defined description of the layout process. The layout accepted by the community is habitual. The approach implemented by the Traveler tool, developed at Department of Software Engineering MFF UK, is based on using existing structure with known layout as a template for laying out structure with unknown layout. The first version of the program had few issues that made it difficult to use. The goal of the thesis was to improve Traveler so that the tool is more accessible. Improvements include ability to process pseudoknots, intermediate format for images of secondary structures and modification of the layout-creating algorithm. We created a web application that serves as an user interface for Traveler. The application is able to automatically choose a template for the structure too.