Webový nástroj pre vizualizáciu sekundárnej štruktúry RNA
Web-based tool for RNA secondary structure visualization
Webový nástroj pro vizualizaci sekundární struktury RNA
bachelor thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/101196Identifiers
Study Information System: 195337
Collections
- Kvalifikační práce [10932]
Author
Advisor
Referee
Škoda, Petr
Faculty / Institute
Faculty of Mathematics and Physics
Discipline
Software and Data Engineering
Department
Department of Software Engineering
Date of defense
6. 9. 2018
Publisher
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaLanguage
Slovak
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
bioinformatika, RNA, skundární struktura, vizualizaceKeywords (English)
bioinformatics, RNA, secondary structure, visualizationVizualizácia sekundárnej štruktúry RNA je otvoreným problémom, pretože neexistuje presný popis ako ju vykresliť, zobrazenie akceptované komunitou je zvykové. Prístup implementovaný v nástroji Traveler, ktorý vznikol na Katedre softwarového inženýrství MFF UK, používa pre vizualizáciu šablónu v podobe inej, už existujúcej štruktúry. Prvá verzia programu mala však niekoľko nedostatkov znemožňujúcich jeho použitie. Cieľom tejto práce bolo vylepšiť Traveler a vytvoriť tak nástroj, ktorého používanie bude pre užívateľa prístupnejšie. Vylepšeniami sú schopnosť spracovávať pseudouzly, medziformát pre obrázky sekundárnych štruktúr a úprava algoritmu pre tvorbu layoutu. Ďalším cieľom práce bolo vytvoriť webovú aplikáciu, ktorá bude slúžiť ako užívateľské rozhranie. Vytvorená aplikácia je schopná sama vybrať šablónu pre cieľovú štruktúru a vizualizovať ju.
Visualization of RNA secondary structure is an open problem because there does not exist a well- defined description of the layout process. The layout accepted by the community is habitual. The approach implemented by the Traveler tool, developed at Department of Software Engineering MFF UK, is based on using existing structure with known layout as a template for laying out structure with unknown layout. The first version of the program had few issues that made it difficult to use. The goal of the thesis was to improve Traveler so that the tool is more accessible. Improvements include ability to process pseudoknots, intermediate format for images of secondary structures and modification of the layout-creating algorithm. We created a web application that serves as an user interface for Traveler. The application is able to automatically choose a template for the structure too.