Show simple item record

Genomické přístupy ve studiu speciace
dc.contributor.advisorReifová, Radka
dc.creatorVozárová, Zuzana
dc.date.accessioned2019-05-03T17:06:19Z
dc.date.available2019-05-03T17:06:19Z
dc.date.issued2018
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/99090
dc.description.abstractTechnological advances in DNA sequencing along with the emergence of new informatics approaches have created new possibilities in many biological fields. In this bachelor thesis, I will focus on the informatics approaches used in speciation genomics, that is research field focused on the problematics of the origin of new species. I will introduce some statistical methods used by these approaches for parameter estimation. The four particular methods I will write about are Maximum likelihood estimation, Bayesian model, Markov chain Monte Carlo and Iterative approach. I will describe several methods used for the detection of interspecific hybrids and recent as well as historical interspecific gene flow. These methods include NewHybrids, the hybrid index, genomic and spatial clines and coalescent-based methods. The thesis demonstrates the usefulness of the connection of applied mathematics and genomics for addressing general biological issues, and speciation particularly.en_US
dc.description.abstractPokrok v oblasti technologií sekvenace DNA spolu se vznikem nových informatických přístupů, vedly ke vzniku nových možností na poli biologie. V této bakalářské práci se zaměřuji na informatické přístupy používané v speciační genomice,což je vědecký obor, který se soustředí na problematiku vzniku nových druhů. Představím statistické metody, které tyto přístupy využívají. Čtyři konkrétní metody, o kterých píšu, jsou Odhad maximální věrohodnosti, Bayesovské modely, Markovovské řetězce Monte Carlo a Iterativní přístup. Přiblížím několik metod používaných v detekci mezidruhových hybridů a určovaní jak nedávného tak historického mezidruhového genového toku. Tyto metody zahrnují program NewHybrids, hybridní index, genomické a prostorové klíny a metody založené na koalescenčních modelech. Tato práce vyzdvihuje prospěšnost propojení aplikované matematiky a genomiky při řešení obecných biologických problémů a speciace konkrétně.cs_CZ
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectspeciacecs_CZ
dc.subjecthybridní zónycs_CZ
dc.subjectgenový tokcs_CZ
dc.subjectpravděpodobnostní algoritmycs_CZ
dc.subjectbioinformatikacs_CZ
dc.subjectspeciationen_US
dc.subjecthybrid zonesen_US
dc.subjectgene flowen_US
dc.subjectprobabilistic algorithmsen_US
dc.subjectbioinformaticsen_US
dc.titleGenomic approaches for studying speciationen_US
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2018
dcterms.dateAccepted2018-06-12
dc.description.departmentDepartment of Zoologyen_US
dc.description.departmentKatedra zoologiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId153541
dc.title.translatedGenomické přístupy ve studiu speciacecs_CZ
dc.contributor.refereeHulva, Pavel
dc.identifier.aleph002191548
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBioinformatikacs_CZ
thesis.degree.disciplineBioinformaticsen_US
thesis.degree.programBioinformatikacs_CZ
thesis.degree.programBioinformaticsen_US
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra zoologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Zoologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBioinformatikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBioinformaticsen_US
uk.degree-program.csBioinformatikacs_CZ
uk.degree-program.enBioinformaticsen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csPokrok v oblasti technologií sekvenace DNA spolu se vznikem nových informatických přístupů, vedly ke vzniku nových možností na poli biologie. V této bakalářské práci se zaměřuji na informatické přístupy používané v speciační genomice,což je vědecký obor, který se soustředí na problematiku vzniku nových druhů. Představím statistické metody, které tyto přístupy využívají. Čtyři konkrétní metody, o kterých píšu, jsou Odhad maximální věrohodnosti, Bayesovské modely, Markovovské řetězce Monte Carlo a Iterativní přístup. Přiblížím několik metod používaných v detekci mezidruhových hybridů a určovaní jak nedávného tak historického mezidruhového genového toku. Tyto metody zahrnují program NewHybrids, hybridní index, genomické a prostorové klíny a metody založené na koalescenčních modelech. Tato práce vyzdvihuje prospěšnost propojení aplikované matematiky a genomiky při řešení obecných biologických problémů a speciace konkrétně.cs_CZ
uk.abstract.enTechnological advances in DNA sequencing along with the emergence of new informatics approaches have created new possibilities in many biological fields. In this bachelor thesis, I will focus on the informatics approaches used in speciation genomics, that is research field focused on the problematics of the origin of new species. I will introduce some statistical methods used by these approaches for parameter estimation. The four particular methods I will write about are Maximum likelihood estimation, Bayesian model, Markov chain Monte Carlo and Iterative approach. I will describe several methods used for the detection of interspecific hybrids and recent as well as historical interspecific gene flow. These methods include NewHybrids, the hybrid index, genomic and spatial clines and coalescent-based methods. The thesis demonstrates the usefulness of the connection of applied mathematics and genomics for addressing general biological issues, and speciation particularly.en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra zoologiecs_CZ
thesis.grade.code1
dc.identifier.lisID990021915480106986


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV