Bioinformatic methods of detection of protein coevolution
Bioinformatické metody detekce koevoluce proteinů
bakalářská práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/99077Identifikátory
SIS: 193776
Kolekce
- Kvalifikační práce [20052]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Hampl, Vladimír
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Bioinformatika
Katedra / ústav / klinika
Katedra buněčné biologie
Datum obhajoby
12. 6. 2018
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Výborně
Klíčová slova (česky)
koevoluce, proteinová rodina, predikce struktury proteinů, interakční partneři, korelované mutace, mirrortree, vzájemná informace, analýza přímého párováníKlíčová slova (anglicky)
coevolution, protein family, protein structure prediction, interaction partners, correlated mutations, mirrortree, mutual information, direct coupling analysisSlovem koevoluce popisujeme stav, kdy dva či více druhů nebo biomolekul vzá- jemně ovlivňují svou evoluci. Na proteinové úrovni je koevoluce považována za jeden z hlavních mechanismů zajišťujících správné sbalení, interakce a funkci pro- teinů. Pozorována může být jak na úrovni interagujících proteinových rodin, tak na úrovni jednotlivých aminokyselinových residuí. Studium koevoluce může být užitečným nástrojem při predikci struktury proteinů, jejich funkce, interakčních partnerů, apod. V této práci jsou popsány algoritmy, které jsou používány k detekci koevoluce proteinů, stejně jako jejich možné aplikace a omezení. Klíčová slova: koevoluce, proteinová rodina, predikce struktury proteinů, in- terakční partneři, korelované mutace, mirrortree, vzájemná informace, analýza přímého párování
The term coevolution describes the situation when two or more species or biomole- cules reciprocally affect each others' evolution. On the protein level, it is thought to be the main mechanism ensuring correct folding, interactions and function of a protein, and it can be observed both on the level of interacting protein families and individual amino acid residues. Coevolution studies have been proved to be a powerful tool for prediction of protein structure, function, interaction partners, etc. In this thesis, different algorithms used for detection of protein coevolution are described, as well as their applications and limitations. Keywords: coevolution, protein family, protein structure prediction, interac- tion partners, correlated mutations, mirrortree, mutual information, direct cou- pling analysis