Diverzita nekultivovatelných a obtížně kultivovatelných zástupců čeledi Psalteriomonadidae (Excavata: Heterolobosea)

Abstract

Heterolobosea is a group of amoeboflagellates, amoebae, and flagellates belonging to the supergroup Excavata. Approximately 150 species of Heterolobosea have been described, from which less than 20 are obligately anaerobic. Most anaerobic species belong to the family Psalteriomonadidae. The aim of this study was to examine the diversity of potentially uncultivable anaerobic heteroloboseids. We obtained multiple new isolates, mainly from freshwater hypoxic sediments, isolated DNA from fresh cultures and determined their SSU rRNA gene sequences using Psalteriomonadidae-specific primers. In total, we have analyzed sequences of 123 new strains, which represented six already described species of Psalteriomonadidae as well as 16 potentially new ones. However, most of the new species died during the early stages of culture. Our results suggest that a great diversity of uncultivable psalteriomonadids exists in the nature. Key words: diversity, SSU rRNA, Heterolobosea, cultivation, Psalteriomonadidae

Kmen Heterolobosea je skupinou améboflagelátů, améb a flagelátů patřící do říše Excavata. V současnosti je popsáno asi 150 druhů zástupců kmene Heterolobosea, z nichž je asi 20 druhů obligátně anaerobních. Většina z nich patří do čeledi Psalteriomonadidae. Cílem této práce bylo poznat diverzitu potenciálních obtížně kultivovatelných a nekultivovatelných anaerobních zástupců kmene Heterolobosea. Získali jsme mnoho nových izolátů zejména ze sladkovodních sedimentů. Izolovali jsme DNA z čerstvých kultur a určili jsme sekvence jejich genu pro SSU rRNA za použití primerů specifických pro skupinu Psalteriomonadidae. Získali jsme 123 nových sekvencí, které reprezentují 6 již popsaných druhů, dále bylo objeveno 16 potenciálně nových druhů. Nicméně mnoho nových druhů zaniklo v raných stádiích kultivování. Naše výsledky naznačují, že existuje velká diverzita nekultivovatelných a obtížně kultivovatelných druhů čeledi Psalteriomonadidae. Klíčová slova: diverzita, gen pro SSU rRNA, Heterolobosea, kultivace, Psalteriomonadidae