Utilization of latent semantic analysis in virtual screening
Využití latentní sémantické analýzy pro virtuální screening
bakalářská práce (OBHÁJENO)
![Náhled dokumentu](/bitstream/handle/20.500.11956/90456/thumbnail.png?sequence=7&isAllowed=y)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/90456Identifikátory
SIS: 177608
Kolekce
- Kvalifikační práce [10806]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Škoda, Petr
Fakulta / součást
Matematicko-fyzikální fakulta
Obor
Obecná informatika
Katedra / ústav / klinika
Katedra softwarového inženýrství
Datum obhajoby
6. 9. 2017
Nakladatel
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Výborně
Klíčová slova (česky)
latentní sémantická analýza, virtuální screening, cheminformatikaKlíčová slova (anglicky)
latent semantic analysis, virtual screening, cheminformaticsTitle: Utilization of latent semantic analysis in virtual screening Author: Jiří Kolář Department: Department of Software Engineering Supervisor: RNDr. David Hoksza, Ph.D., Department of Software Engineering Abstract: Aim of this thesis is to investigate utilisation of latent semantic in- dexing in Virtual screening. We have examined existing VS method called lat- ent semantic structural indexing (LaSSI) and compared performance of different structural fingerprints. Additionally, we have developed a new model that com- pare fragments of molecules by usage of latent semantic indexing. Fragments are characterized by formula based counts and descriptors describing the physi- cochemical properties. Results of our methods are compared to VS techniques using directly standard fingerprints. Keywords: virtual screening cheminformatics ligand-based fingerprints ECFP TT latent semantic analysis LaSSI iii