Platforma pro hodnocení efektivity molekulární podobnosti
Platform for benchmarking efficiency of molecular similarities
bachelor thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/90450Identifiers
Study Information System: 185251
Collections
- Kvalifikační práce [10925]
Author
Advisor
Referee
Krivák, Radoslav
Faculty / Institute
Faculty of Mathematics and Physics
Discipline
General Computer Science
Department
Department of Software Engineering
Date of defense
6. 9. 2017
Publisher
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaLanguage
Czech
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
chemická informatika, molekulární podobnost, ligand-based virtuální screening, benchmarkováníKeywords (English)
chemoinformatics, molecular similarity, ligand-based virtual screening, benchmarkingV bakalářské práci jsem navrhl a vypracoval platformu pro testování ligand- based virtual screening (LBVS) metod, která umožňuje komunikaci pomocí webo- vých stránek, spouštění testů na infrastruktuře Metacentrum nebo vzdálených počítačích pro urychlení zpracování testů, přidávat vlastní datové sady a LBVS metody. K programu je přiloženo několik základních metod a z internetových zdrojů zmíněných v textu lze stáhnout dva balíky základních datových sad. Po- užiltenost platformy byla ověřena na dvou vzorových případech užití. Prvním byla replikace a ověření správnosti publikovaného experimentu. Druhým příkla- dem bylo porovnání metody založené na počtu atomů v molekule s metodami z knihovny RDKit. 1
In the bachelor thesis I designed and developed a platform for testing of the ligand-based virtual screening (LBVS) methods, which allows communication via web sites, running tests on the Metacentrum infrastructure or remote computers for speeding up the processing of tests, adding own data-sets and LBVS methods. Several basic methods are attached to the program and two packages of basic datasets can be downloaded from the Internet sources mentioned in the text. The use of the platform has been verified in two exemplary use cases. The first goal was to replicate and verify the accuracy of the published experiment. The second example was the comparison of method based on the count of atoms in molecule with the RDKit library methods. 1