Hledání fysiologického partnera proteinu Ddi2 (DNA damage-inducible protein homolog 2)

Abstract

Jedním z nejdůležitějších buněčných procesů, a to nejen pro degradaci proteinů, je takzvaný ubikvitin-proteasomový systém. V něm hraje klíčovou úlohu ubikvitin, malý protein s jedinečnou schopností řetězit se. Buněčné proteiny, označené daným ubikvitinovým řetězcem a tím předurčené k degradaci, se dále dostávají do proteasomu dvojím způsobem. Buď přímou interakcí polyubikvitinového řetězce značícího daný protein s jedním z receptorů proteasomu, nebo pomocí tzv. adaptorových proteinů. Tyto proteiny jsou charakteristické doménou, která je ubikvitinu podobná a doménou, která jej váže. Zejména pomocí těchto domén zprostředkovávají adaptorové proteiny doručování určitých substrátů do proteasomu. Adaptorový protein Ddi2 z této proteinové skupiny vyčnívá přítomností další domény, jež je strukturně podobná například protease viru HIV a jejíž proteolytická aktivita byla teprve nedávno objevena. Doménové uspořádání a zejména přítomnost proteolytické domény proteinu Ddi2 dává vzniknout hypotéze, že by Ddi2 mohl být deubikvitinačním enzymem. Tato hypotéza byla v předkládané práci ověřována sledováním možného štěpení diubikvitinových řetězců rekombinantně připraveným Ddi2 proteinem. Bylo zjištěno, že Ddi2 v daném uspořádání nemá deubikvitinační aktivitu.

One of the most important cellular processes, essential not only for protein degradation, is the so called ubiquitin-proteasome system. A key player in this system is ubiquitin, a small protein with unique ability to form various chains. Cellular proteins marked for degradation via ubiquitin, are recruited to the proteasome either by a direct interaction with one of the intrinsic proteasomal receptors, or by adaptor proteins. These proteins typically possess ubiquitin-like domain and ubiquitin associated domain that predispose them for delivering ubiquinated proteins to the proteasome. Adaptor protein called Ddi2 differs from other members of this family by possessing additional domain called the retroviral protease like domain. This domain is structurally similar to HIV protease and its proteolytic function has been discovered only recently. Due to the presence of this proteolytic domain one could expect that Ddi2 might be a deubiquitinase. Here we therefore tested the possible cleavage of diubiquitin chains by recombinantly prepared Ddi2 protein. We can conclude that Ddi2 did not show any deubiquitinating activity in given conditions.