Vnitřní terminace transkripce vícepodjednotkových RNA polymeráz

Abstract

Transkripce je proces, při kterém dochází k přepisu genetické informace z DNA sekvence do RNA kopie pomocí DNA dependentní RNA polymerázy. U bakterií jsou známy dva způsoby terminace transkripce: vnitřní terminace transkripce, která nevyžaduje žádné další přídatné faktory, a terminace závislá na proteinovém faktoru Rho. Vnitřní terminace transkripce je běžná hlavně u bakterií, ale odlišné, i když částečně podobné formy vnitřní terminace transkripce se vyskytují i u eukaryot a archea. Tato práce udává stručný přehled struktury RNA polymerázy a stability elongačního komplexu, popisuje jednotlivé kroky mechanismu vnitřní terminace transkripce u bakterií včetně jejich dnes diskutovaných modelů a udává příklady vnitřní terminace transkripce u eukaryot a archea a jejich porovnání s bakteriálním mechanismem vnitřní terminace transkripce. Klíčová slova: RNA polymeráza, elongační komplex, vnitřní terminace transkripce, vlásenkové RNA struktury

Transcription is a process of genetic information rewriting from DNA sequence to RNA copy by DNA dependent RNA polymerase. Two mechanisms of transcription termination are known for bacteria: intrinsic transcription termination, independent of any accessory factors, and transcription termination dependent on proten factor called Rho. Intrinsic transcription termination is common mainly for bacteria, yet different, but partially similar forms of intrinsic transcription termination occur also in eukaryotes and archaea. This thesis includes a brief summary of RNA polymerase structure and elongation complex stability, describes individual steps of intrinsic transcription termination mechanism in bacteria including all disscused models and gives examples of intrinsic transcription termination in eukaryotes and archaea and their comparison with bacterial model of intrinsic transcription termination. Key words: RNA polymerase, elongation complex, intrinsic transcription termination, hairpin RNA structures