Show simple item record

The effect of microbiota on pathogenesis of gut diseases
dc.contributor.advisorKolařík, Miroslav
dc.creatorGalanová, Natalie
dc.date.accessioned2017-06-27T10:00:41Z
dc.date.available2017-06-27T10:00:41Z
dc.date.issued2017
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/85575
dc.description.abstractStřevní mikrobiota je významným faktorem ve vývoji některých onemocnění, k nimž patří i idiopatické střevní záněty (IBD, n = 127), Ulcerózní kolitida, Crohnova choroba, a kolorektální karcinom (CRC, n = 64). Součástí této práce je připravit klinický materiál různého typu (stolice, biopsie) k sekvenaci na platformě Illumina Miseq. Tohoto je dosaženo přes izolaci DNA, amplifikaci 16S a vnitřního přepisovaného mezerníku (ITS), normlaizaci a ligaci sekvenačních adaptorů. Cílem je pomcí sekvenačních dat popsat rozdíly v mikrobiomu zdravých a nemocných jedinců v případě IBD nebo zdravé a karcinomem zasažené tkáně u pacientů s CRC. Tuto práci tvoří i kultivační část, kdy jsou vzorky čerstvé stolice (n = 3) kultivovány při široké škále aplikovaných podmínek, jimiž je zjištěna ekofyziologická a druhová diverzita těchto vzorků klasickými a molekulárními metodami. Zároveň je spolehlivě taxonomicky určena diverzita kultivovatelných hub ve fekálních vzorcích amplifikací relevantních genů (ITS1, β tubulin, druhé největší podjednotky RNA polymerázy II., RPB2) a následnou oboustrannou sekvenací Sangerovou metodou. Vybrané druhy hub jsou zpracovány na lyzáty, kterými jsou stimulovány buněčné kultury myších makrofágů (RAW). Vliv hub na imunitní odpověď je tak studován in vitro a analyzován imunologickými metodami...cs_CZ
dc.description.abstractGut microbiota is considered an important factor in the development of various diseases including inflammatory bowel disease (IBD, n = 127), Ulcerative colitis, Crohn's disease, and colorectal cancer (CRC, n = 64). A part of this thtesis is to prepare clinical material of different sorts (stool, biopsy) for sequencing on Illumina Miseq platform. This is achieved trough DNA isolation, amplification of 16S and internal transcribed spacer (ITS), normalization and ligation of sequencing adaptors. The aim of this project is to describe the differences between microbiota in healthy and diseased subjects in case of IBD or unimpaired and tumorous tissue for CRC patients. This research is also being based on cultivation, where a fresh stool samples (n = 3) are cultivated in a broad range of conditions, which enables us to obtain ecophysiological and species diversity of these samples by traditional and molecular methods. The cultivable fungi are also assigned reliable taxonomy by amplification of relevant genes (ITS1, β tubulin, second largest subunit of RNA polymerase II, RPB2) followed by both-sided Sanger sequencing. Selected species of fungi are processed into lysates, which are used for stimulation of mice macrofage cell line (RAW). Therefore the impact on immunity response is studied in vitro and...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectCrohnova chorobacs_CZ
dc.subjectulcerózní kolitidacs_CZ
dc.subjectCandidacs_CZ
dc.subjectenvironmentální DNAcs_CZ
dc.subjectsekvenování nové generacecs_CZ
dc.subjectmetabarcodingcs_CZ
dc.subjectCrohn's diseaseen_US
dc.subjectulcerative colitisen_US
dc.subjectCandidaen_US
dc.subjectenvironmental DNAen_US
dc.subjectnext generation sequencingen_US
dc.subjectmetabarcodingen_US
dc.titleVliv mikrobiomu na patogenezi střevních onemocněnícs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2017
dcterms.dateAccepted2017-06-06
dc.description.departmentDepartment of Botanyen_US
dc.description.departmentKatedra botanikycs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId170224
dc.title.translatedThe effect of microbiota on pathogenesis of gut diseasesen_US
dc.contributor.refereeHudcovic, Tomáš
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBotanikacs_CZ
thesis.degree.disciplineBotanyen_US
thesis.degree.programBiologyen_US
thesis.degree.programBiologiecs_CZ
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBotanikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBotanyen_US
uk.degree-program.csBiologiecs_CZ
uk.degree-program.enBiologyen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csStřevní mikrobiota je významným faktorem ve vývoji některých onemocnění, k nimž patří i idiopatické střevní záněty (IBD, n = 127), Ulcerózní kolitida, Crohnova choroba, a kolorektální karcinom (CRC, n = 64). Součástí této práce je připravit klinický materiál různého typu (stolice, biopsie) k sekvenaci na platformě Illumina Miseq. Tohoto je dosaženo přes izolaci DNA, amplifikaci 16S a vnitřního přepisovaného mezerníku (ITS), normlaizaci a ligaci sekvenačních adaptorů. Cílem je pomcí sekvenačních dat popsat rozdíly v mikrobiomu zdravých a nemocných jedinců v případě IBD nebo zdravé a karcinomem zasažené tkáně u pacientů s CRC. Tuto práci tvoří i kultivační část, kdy jsou vzorky čerstvé stolice (n = 3) kultivovány při široké škále aplikovaných podmínek, jimiž je zjištěna ekofyziologická a druhová diverzita těchto vzorků klasickými a molekulárními metodami. Zároveň je spolehlivě taxonomicky určena diverzita kultivovatelných hub ve fekálních vzorcích amplifikací relevantních genů (ITS1, β tubulin, druhé největší podjednotky RNA polymerázy II., RPB2) a následnou oboustrannou sekvenací Sangerovou metodou. Vybrané druhy hub jsou zpracovány na lyzáty, kterými jsou stimulovány buněčné kultury myších makrofágů (RAW). Vliv hub na imunitní odpověď je tak studován in vitro a analyzován imunologickými metodami...cs_CZ
uk.abstract.enGut microbiota is considered an important factor in the development of various diseases including inflammatory bowel disease (IBD, n = 127), Ulcerative colitis, Crohn's disease, and colorectal cancer (CRC, n = 64). A part of this thtesis is to prepare clinical material of different sorts (stool, biopsy) for sequencing on Illumina Miseq platform. This is achieved trough DNA isolation, amplification of 16S and internal transcribed spacer (ITS), normalization and ligation of sequencing adaptors. The aim of this project is to describe the differences between microbiota in healthy and diseased subjects in case of IBD or unimpaired and tumorous tissue for CRC patients. This research is also being based on cultivation, where a fresh stool samples (n = 3) are cultivated in a broad range of conditions, which enables us to obtain ecophysiological and species diversity of these samples by traditional and molecular methods. The cultivable fungi are also assigned reliable taxonomy by amplification of relevant genes (ITS1, β tubulin, second largest subunit of RNA polymerase II, RPB2) followed by both-sided Sanger sequencing. Selected species of fungi are processed into lysates, which are used for stimulation of mice macrofage cell line (RAW). Therefore the impact on immunity response is studied in vitro and...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra botanikycs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV