Show simple item record

Optimization of urinary exosome isolation for proteomic analysis in kidney disease diagnosis
dc.contributor.advisorPřikryl, Petr
dc.creatorUlrychová, Lucie
dc.date.accessioned2017-06-26T09:47:45Z
dc.date.available2017-06-26T09:47:45Z
dc.date.issued2017
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/85517
dc.description.abstractExtracelulární vezikuly (exozomy) jsou předmětem současného nefrologického proteomického výzkumu, neboť se považují za možný zdroj potenciální biomarkerů onemocnění ledvin. Tato práce se zabývá hledáním nejvhodnějšího postupu izolace exozomů z moči. Byly porovnány již popsané metody založené na odlišných fyzikálně-chemických principech izolace: hydrostatická filtrační dialýza (HFD), diferenciální ultracentrifugace, ultrafiltrace přes 100 kDa filtr, nebo srážení vzorku komerční sadou Total Exosome Isolation (from urine). Charakterizace jednotlivých izolovaných exozomálních frakcí byla provedena pomocí metod SDS-PAGE (zhodnocení přítomnosti kontaminujících proteinů), western blot analýzy (detekce exozomálních markerů TSG101, alix), analýzy trajektorie pohybu nanočástic (NTA, velikost a koncentrace vezikul), nebo transmisní elektronové mikroskopie (TEM, morfologie vezikul). Kvůli přítomnosti kontaminujících proteinů ve vzorcích moči, které by mohly zkreslovat výsledky následných proteomických analýz, byly optimalizovány podmínky štěpení nežádoucích proteinů proteinázou K před vlastními izolacemi. Bylo zjištěno, že největší výtěžnost a čistotu izolovaných exozomálních frakcí poskytuje postup kombinující HFD s diferenciální ultracentrifugací po předchozí inkubaci s optimálním množstvím proteinázy K.cs_CZ
dc.description.abstractExtracellular vesicles (exosomes) are the subject of current nephrology proteomics research as they are considered as a promising source of potential biomarkers of kidney disease. This work is focused on discovery of the most appropriate procedure for the urinary exosomes isolation. We have compared already described methods, based on different physicochemical principles of isolation: hydrostatic filtration dialysis (HFD), differential ultracentrifugation, ultrafiltration through a 100 kDa filter, or sample precipitation with Total Exosome Isolation (from urine) kit. Characterization of individual isolated exosomal fractions was performed using SDS-PAGE method (presence of contaminating proteins), western blot analysis (detection of exosomal markers TSG101, alix), nanoparticle tracking analysis (NTA, vesicle size and concentration) or transmission electron microscopy (TEM, vesicles morphology). Due to the presence of contaminating proteins in urine samples, which could distort the results of subsequent proteomic assays, the conditions for the cleavage of undesirable proteins by proteinase K prior to their own isolation were optimized. It has been found that the best yield and purity of the isolated exosomal fractions were provided by a process combining HFD with differential ultracentrifugation...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectIzolace exozomůcs_CZ
dc.subjecthydrostatická filtrační dialýzacs_CZ
dc.subjectmočcs_CZ
dc.subjectultrafiltracecs_CZ
dc.subjectultracentrifugacecs_CZ
dc.subjectIsolation of exosomesen_US
dc.subjecthydrostatic filtration dialysisen_US
dc.subjecturineen_US
dc.subjectultrafiltrationen_US
dc.subjectultracentrifugationen_US
dc.titleOptimalizace izolace močových exozomů pro proteomické vyšetření moči v diagnostice onemocnění ledvincs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2017
dcterms.dateAccepted2017-06-05
dc.description.departmentDepartment of Biochemistryen_US
dc.description.departmentKatedra biochemiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId171301
dc.title.translatedOptimization of urinary exosome isolation for proteomic analysis in kidney disease diagnosisen_US
dc.contributor.refereeKučerová, Zdenka
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelnavazující magisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineKlinická a toxikologická analýzacs_CZ
thesis.degree.disciplineClinical and Toxicological Analysisen_US
thesis.degree.programClinical and Toxicological Analysisen_US
thesis.degree.programKlinická a toxikologická analýzacs_CZ
uk.thesis.typediplomová prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra biochemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Biochemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csKlinická a toxikologická analýzacs_CZ
uk.degree-discipline.enClinical and Toxicological Analysisen_US
uk.degree-program.csKlinická a toxikologická analýzacs_CZ
uk.degree-program.enClinical and Toxicological Analysisen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csExtracelulární vezikuly (exozomy) jsou předmětem současného nefrologického proteomického výzkumu, neboť se považují za možný zdroj potenciální biomarkerů onemocnění ledvin. Tato práce se zabývá hledáním nejvhodnějšího postupu izolace exozomů z moči. Byly porovnány již popsané metody založené na odlišných fyzikálně-chemických principech izolace: hydrostatická filtrační dialýza (HFD), diferenciální ultracentrifugace, ultrafiltrace přes 100 kDa filtr, nebo srážení vzorku komerční sadou Total Exosome Isolation (from urine). Charakterizace jednotlivých izolovaných exozomálních frakcí byla provedena pomocí metod SDS-PAGE (zhodnocení přítomnosti kontaminujících proteinů), western blot analýzy (detekce exozomálních markerů TSG101, alix), analýzy trajektorie pohybu nanočástic (NTA, velikost a koncentrace vezikul), nebo transmisní elektronové mikroskopie (TEM, morfologie vezikul). Kvůli přítomnosti kontaminujících proteinů ve vzorcích moči, které by mohly zkreslovat výsledky následných proteomických analýz, byly optimalizovány podmínky štěpení nežádoucích proteinů proteinázou K před vlastními izolacemi. Bylo zjištěno, že největší výtěžnost a čistotu izolovaných exozomálních frakcí poskytuje postup kombinující HFD s diferenciální ultracentrifugací po předchozí inkubaci s optimálním množstvím proteinázy K.cs_CZ
uk.abstract.enExtracellular vesicles (exosomes) are the subject of current nephrology proteomics research as they are considered as a promising source of potential biomarkers of kidney disease. This work is focused on discovery of the most appropriate procedure for the urinary exosomes isolation. We have compared already described methods, based on different physicochemical principles of isolation: hydrostatic filtration dialysis (HFD), differential ultracentrifugation, ultrafiltration through a 100 kDa filter, or sample precipitation with Total Exosome Isolation (from urine) kit. Characterization of individual isolated exosomal fractions was performed using SDS-PAGE method (presence of contaminating proteins), western blot analysis (detection of exosomal markers TSG101, alix), nanoparticle tracking analysis (NTA, vesicle size and concentration) or transmission electron microscopy (TEM, vesicles morphology). Due to the presence of contaminating proteins in urine samples, which could distort the results of subsequent proteomic assays, the conditions for the cleavage of undesirable proteins by proteinase K prior to their own isolation were optimized. It has been found that the best yield and purity of the isolated exosomal fractions were provided by a process combining HFD with differential ultracentrifugation...en_US
uk.file-availabilityV
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemiecs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV