Genetic basis of multidrug resistance in Acinetobacter baumannii

Abstract

Charles University in Prague, Faculty of Science Department of Genetics and Microbiology Ph.D. study program: Molecular and Cellular Biology, Genetics and Virology Genetic basis of multidrug resistance in Acinetobacter baumannii Lenka Křížová Supervisor: Doc. RNDr. Alexandr Nemec, Ph.D. Supervisor-consultant: RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. Prague 2014 SUMMARY Acinetobacter baumannii has emerged as a significant bacterial pathogen pre-eminently associated with hospital-acquired infections. Strains of this species may currently exhibit resistance to nearly all or even all clinically relevant drugs. The vast majority of epidemic and multidrug-resistant A. baumannii strains belong to a few globally spread lineages, in particular to the so-called European (EU) clones I, II, and III. Complex resistance patterns displayed by these strains result from their marked capacity to develop, acquire, and combine secondary resistance mechanisms against originally effective agents. The aim of this thesis was to broaden our knowledge on the genetic basis and epidemiology of multidrug resistance in A. baumannii. The obtained results have been published in the form of six studies which are part of this thesis. In the first study, we analysed the epidemiology of carbapenem resistance among hospital strains of Acinetobacter in the...

Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta Katedra genetiky a mikrobiologie Studijní program: Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie Genetický základ multirezistence u Acinetobacter baumannii Lenka Křížová Školitel: Doc. RNDr. Alexandr Nemec, Ph.D. Konzultant: RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. Praha 2014 SOUHRN Acinetobacter baumannii je významný původce infekcí u pacientů v nemocniční péči. Rostoucí podíl multirezistentních a panrezistentních kmenů tohoto druhu se v posledním desetiletí stal celosvětovým problémem. Z populačně-genetického hlediska je významné, že tyto kmeny náležejí pouze do několika klonálních linií, tzv. Evropských klonů I, II a III. Odolnost těchto kmenů vůči původně účinným antimikrobním látkám je dána jejich schopností účinně vyvíjet, získávat a kombinovat nejrůznější mechanismy rezistence. Tato dizertační práce obsahuje šest studií, které přispěly k rozšíření znalostí o epidemiologii a genetice multirezistence u A. baumannii. První studie se zabývá epidemiologií rezistence ke karbapenemům u nemocničních kmenů acinetobakterů. Nárůst této rezistence v letech 2005-2006 byl spojen s rozšířením kmenů A. baumannii náležejícím k Evropskému klonu II a hlavním mechanismem této rezistence byla zvýšená exprese druhově inherentního genu pro OXA-51. U studovaných kmenů byla dále...