Využití nekorelovaných vícebodových farmakoforových otisků při virtuálním screeningu

Abstract

Nedávno byla publikována nová metoda pro virtuální screening. Tato me- toda používá farmakoforové otisky a statistické metody pro vytvoření farma- koforového modelu, který je následně použit k predikci aktivity ligandů. Tato práce se zabývá dvěmi možnými vylepšeními této metody. Prvním z nich je odstranění korelovaných farmakoforů, druhé je použití větších farmakoforů (původně byly použity jen tříbodové farmakofory). Obě úpravy byly im- plementovány spolu s nutným rozšířením chemoinformatického softwarového balíku RDKit. Nakonec byly obě metody experimentálně vyhodnoceny a po- rovnány s původní metodou. Na základě těchto výsledků byla navržena a vyhodnocena další modifikace - kombinace farmakoforového modelu s po- dobností otisků. 1

Recently, a new method for ligand based virtual screening was published. It uses pharmacophore fingerprints and statistical methods to create a phar- macophore model which is then used to predict the activity of ligands. In this thesis two possible enhancemets of this method were examined. The first one is the removal of correlated pharmacophores, the second one is the utilization of larger pharmacophores (originally only 3-point pharmacopho- res were used). Both modifications were implemented along with neccessary extension of the RDKit cheminformatics toolkit. Finally, both modifications were experimentally evaluated and compared to the original method. Based on the results, combination of the pharmacophore model with the fingerprint similarity was proposed as another modification and evaluated. 1