Predikce terciární struktury RNA na základě předlohy

Abstract

Práca sa zaoberá návrhom, implementáciou a testovaním nového algoritmu homológnej predikcie terciárnej RNA štruktúry, teda predikcie za pomoci podobnej RNA štruktúry ako vzoru. Zameriava sa na možnosť predikcie dlhých RNA štruktúr v rozumnom čase a dobrej presnosti. Algoritmus je založený na skopírovaní konzervovaných častí štruktúry vzoru a následnom dopredikovaní nekonzervovaných úsekov existujúcim algoritmom typu ab initio. Práca je rozdelená na štyri kapitoly. Prvá obsahuje základné informácie o RNA a o jej význame, druhá popisuje spôsoby predikcie RNA a súčasne dostupné metódy predikcie, v tretej je predstavený algoritmus a vo štvrtej sú vyhodnotené výsledky vyvinutého algoritmu.

The thesis deals with proposal, implementation and testing of a new algorithm for homologous tertiary RNA structure prediction, which means using a structure similar to the template. It focuses on the possibility of large RNA structures prediction in reasonable time and precision. The algorithm is based on copying conserved parts of template structure into the target structure. The unconserved parts are then predicted by an existing ab initio algorithm. The thesis is divided into four chapters. The first one contains basic information about RNA and its importance. The second one describes different ways of RNA prediction and it contains an overwiev of currently available prediction methods. The third one describes the invented algorithm and the fourth one presents achieved results.