dc.contributor.advisor | Kozmík, Zbyněk | |
dc.creator | Liegertová, Michaela | |
dc.date.accessioned | 2019-05-03T19:47:54Z | |
dc.date.available | 2019-05-03T19:47:54Z | |
dc.date.issued | 2016 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.11956/82402 | |
dc.description.abstract | (English) Many of the metazoan phyla sense light by an opsin-based photopigment present in a photosensitive receptor cell (photoreceptor), with Cnidaria being arguably the earliest branching phylum containing a well-developed and complex visual system (advanced eyes morphologically similar to those of vertebrate). The evolutionary history of phototransduction and visual components (ranging from light-sensing opsins to structural genes of the lenses) is a long standing question. In this work, we decided to address this issue by applying a comprehensive multidisciplinary approach combining modern molecular biology methods with bioinformatics. Comprehensive genome-wide inspection of a cubozoan jellyfish Tripedalia cystophora, was complemented with gene expression analyses, together with functional (cell culture based assays) and behavioural (pharmacogenetics) testing. First, genome analysis uncovered the presence of a surprisingly large number of opsin genes with distinct tissue- and stage-specific expression. Our extensive phylogenetic analysis classified cubozoan opsins as a sister group to c-type opsins and documented a lineage-specific expansion of opsin gene repertoire. Functional tests in cell cultures provided evidence for the use of Gs-cAMP signalling pathway only in a small subset of opsins,... | en_US |
dc.description.abstract | (Česky) Mnoho živočichů vnímá světlo pomocí fotoreceptorů, obsahujících světločivný pigment, jehož základ tvoří protein opsin. Žahavci jsou bezesporu první živočišný kmen, u kterého můžeme nalézt dobře vyvinutý a komplexní zrakový systém (komplexní oči morfologicky podobné očím obratlovců). Evoluční historie fototransdukce a vzniku jednotlivých zrakových komponent (od světločivných opsinů po strukturální geny čoček) zůstává dodnes sporná. V této práci jsme se rozhodli k tématu přistoupit s využitím širokého multidisciplinárního přístupu, kombinujícího moderní metody molekulární biologie a bioinformatiky. Podrobná celogenomová analýza čtyřhranky trojité (Tripedalia cystophora), byla doplněna analýzami genové exprese, funkčními testy v buněčných kulturách a farmakogenetickým testováním (behaviorální testy). Za prvé, v genomu byl odhalen překvapivě velký počet genů pro opsiny se zřetelnou tkáňově a vývojově specifickou expresí. Rozsáhlá fylogenetická analýza vedla k vymezení opsinů čtyřhranek jako sesterské větve k c-opsinům a ke zmapování expanze opsinů v této živočišné linii. Funkční testy v buněčných kulturách odhalily, že Gs-cAMP signalizace je typická pouze pro malou podskupinu opsinů a naznačily, že většina opsinů čtyřhranek signalizuje odlišnou a doposud neidentifikovanou kaskádou. Dále funkční... | cs_CZ |
dc.language | English | cs_CZ |
dc.language.iso | en_US | |
dc.publisher | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.title | Identification and characterization of main genetic components involved in phototransduction and vision of the cubozoan jellyfish Tripedalia cystophora | en_US |
dc.type | dizertační práce | cs_CZ |
dcterms.created | 2016 | |
dcterms.dateAccepted | 2016-09-22 | |
dc.description.department | Department of Cell Biology | en_US |
dc.description.department | Katedra buněčné biologie | cs_CZ |
dc.description.faculty | Faculty of Science | en_US |
dc.description.faculty | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.identifier.repId | 84580 | |
dc.title.translated | Identifikace a charakterizace hlavních genetických komponent účastnících se fototransdukce a zrakové percepce u medúzy čtyřhranky Tripedalia cystosphora | cs_CZ |
dc.contributor.referee | Černý, Robert | |
dc.contributor.referee | Kostrouch, Zdeněk | |
dc.identifier.aleph | 002110781 | |
thesis.degree.name | Ph.D. | |
thesis.degree.level | doktorské | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | - | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | - | en_US |
thesis.degree.program | Vývojová a buněčná biologie | cs_CZ |
thesis.degree.program | Developmental and Cell Biology | en_US |
uk.thesis.type | dizertační práce | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-cs | Přírodovědecká fakulta::Katedra buněčné biologie | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-en | Faculty of Science::Department of Cell Biology | en_US |
uk.faculty-name.cs | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
uk.faculty-name.en | Faculty of Science | en_US |
uk.faculty-abbr.cs | PřF | cs_CZ |
uk.degree-discipline.cs | - | cs_CZ |
uk.degree-discipline.en | - | en_US |
uk.degree-program.cs | Vývojová a buněčná biologie | cs_CZ |
uk.degree-program.en | Developmental and Cell Biology | en_US |
thesis.grade.cs | Prospěl/a | cs_CZ |
thesis.grade.en | Pass | en_US |
uk.abstract.cs | (Česky) Mnoho živočichů vnímá světlo pomocí fotoreceptorů, obsahujících světločivný pigment, jehož základ tvoří protein opsin. Žahavci jsou bezesporu první živočišný kmen, u kterého můžeme nalézt dobře vyvinutý a komplexní zrakový systém (komplexní oči morfologicky podobné očím obratlovců). Evoluční historie fototransdukce a vzniku jednotlivých zrakových komponent (od světločivných opsinů po strukturální geny čoček) zůstává dodnes sporná. V této práci jsme se rozhodli k tématu přistoupit s využitím širokého multidisciplinárního přístupu, kombinujícího moderní metody molekulární biologie a bioinformatiky. Podrobná celogenomová analýza čtyřhranky trojité (Tripedalia cystophora), byla doplněna analýzami genové exprese, funkčními testy v buněčných kulturách a farmakogenetickým testováním (behaviorální testy). Za prvé, v genomu byl odhalen překvapivě velký počet genů pro opsiny se zřetelnou tkáňově a vývojově specifickou expresí. Rozsáhlá fylogenetická analýza vedla k vymezení opsinů čtyřhranek jako sesterské větve k c-opsinům a ke zmapování expanze opsinů v této živočišné linii. Funkční testy v buněčných kulturách odhalily, že Gs-cAMP signalizace je typická pouze pro malou podskupinu opsinů a naznačily, že většina opsinů čtyřhranek signalizuje odlišnou a doposud neidentifikovanou kaskádou. Dále funkční... | cs_CZ |
uk.abstract.en | (English) Many of the metazoan phyla sense light by an opsin-based photopigment present in a photosensitive receptor cell (photoreceptor), with Cnidaria being arguably the earliest branching phylum containing a well-developed and complex visual system (advanced eyes morphologically similar to those of vertebrate). The evolutionary history of phototransduction and visual components (ranging from light-sensing opsins to structural genes of the lenses) is a long standing question. In this work, we decided to address this issue by applying a comprehensive multidisciplinary approach combining modern molecular biology methods with bioinformatics. Comprehensive genome-wide inspection of a cubozoan jellyfish Tripedalia cystophora, was complemented with gene expression analyses, together with functional (cell culture based assays) and behavioural (pharmacogenetics) testing. First, genome analysis uncovered the presence of a surprisingly large number of opsin genes with distinct tissue- and stage-specific expression. Our extensive phylogenetic analysis classified cubozoan opsins as a sister group to c-type opsins and documented a lineage-specific expansion of opsin gene repertoire. Functional tests in cell cultures provided evidence for the use of Gs-cAMP signalling pathway only in a small subset of opsins,... | en_US |
uk.file-availability | V | |
uk.publication.place | Praha | cs_CZ |
uk.grantor | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra buněčné biologie | cs_CZ |
thesis.grade.code | P | |
dc.identifier.lisID | 990021107810106986 | |