Změny střevního mikrobiomu u pacietů s idiotypickými střevními záněty léčenými pomocí anti-TNF-α

Abstract

česky Crohnova choroba spadá společně s ulcerózní kolitidou do skupiny idiopatických střevních zánětů označovaných jako IBD (inflammatory bowel disease). Vyskytuje se především ve vyspělých zemích, kde pacientů s touto nemocí neustále přibývá. IBD je imunologicky podmíněné multifaktoriální onemocnění, jehož mechanismus vzniku stále není znám. Zavedeným léčebným postupem je léčba zánětu pomocí kortikosteriodů a imunosupresiv. Kromě střevního zánětu, který je primárním cílem léčby, je u pacientů prokázaná i střevní dysbióza. Právě mikrobiota může být jedním z možných terapeutických cílů a léčebným postupem adjuvantní nebo biologická terapie. Adjuvantní terapie přímo cílí střevní mikrobiotu za pomoci probiotik, kdežto cílem biologické léčby je TNF-α, prozánětlivý cytokin, produkovaný ve velké míře makrofágy. Cílem této diplomové práce je zhodnotit změny střevní mikrobioty u IBD pacientů ve vztahu k adjuvantní a biologickou terapii. Pro analýzu bakteriální diverzity byly vyzkoušeny tři možné metody izolace DNA. Rapid beat beating + column (RBB+C) byla vybraná pro analýzu vzorků pacientů, protože vykazovala jak největší výtěžek DNA, tak nejvyšší čistotu DNA. Nejprve byla diverzita zkoumána kvalitativně pomocí degradační gradientové gelové elektroforézy (DGGE) s následnou sekvenací zajímavých bandů. Dále...

English Abstract Crohn's disease together with ulcerative colitis, is a type of inflammatory bowel disease (IBD) with increasing incidence and prevalence in developed countries. IBD is an immunologically mediated multifactorial disease and it's mechanism of action is still unknown. Current well- established treatment targets the inflammation with corticosteroids and immunosuppressive drugs. Apart from the intestinal inflammation, which is the primary target of the treatment, patients are characteristically afflicted with intestinal dysbiosis. Therefore, possible interventions might be an adjuvant or biological therapy. Adjuvant therapy directly aims the microbiota with probiotics, whereas the target of biological therapy is TNF-α, a pro- inflammatory cytokine excessively secreted by macrophages. The aim of this thesis is to evaluate intestinal microbiota composition changes in IBD patients with regard to courses of adjuvant and biological therapy. Bacterial diversity was analyzed using three different DNA extraction techniques. Rapid beat beating + column (RBB+C) was chosen for analyzing patient samples, as it showed the highest DNA yield and the highest DNA purity. Primarily the bacterial diversity was analyzed using degradation gradient gel electrophoresis (DGGE) with subsequent sequencing of bands of...