Diverzita prasinofytních řas příbuzných plastidu euglen

Abstract

Euglenophyceae představují skupinu jednobuněčných eukaryotických organismů, které v evoluci získaly schopnost fotosyntézy. Jejich plastidy vznikly sekundární endosymbiózou s primární zelenou řasou. Fylogenetické studie pátrající po původu této organely ukázaly na zelenou řasu Pyramimonas parkeae ze skupiny Prasinophyta jako nejbližšího známého příbuzného plastidům euglen. Plastidové genomy Pyramimonas parkeae a Euglena sdílí unikátní pořadí určitých genů sdružených do genových klastrů, což také ukazuje na skupinu Pyramimonadales jako donora plastidu. Není nicméně vyloučené, že se v prostředí vyskytují organismy, které by byly plastidům euglen ještě příbuznější než P. parkeae. Ve své diplomové práci jsem se proto zaměřila na zkoumání diverzity Pyramimonadales a Euglenophyceae v environmentálních vzorcích. Použila jsem k tomu několik přístupů. Pomocí specifické PCR jsem amplifikovala části plastidového genomu v environmentálních vzorcích a určila jsem jejich pozici na fylogenetickém stromu. Provedla jsem také několik rozsáhlých fylogenetických analýz založených na 16S rRNA a 18S rRNA sekvencích z dostupných zástupců Euglenophyceae, Prasinophyta a environmentálních vzorků. Výsledky odhalily přítomnost velkého množství environmentálních sekvencí spadajících mezi Pyramimonadales, organismy příbuznější...

Euglenophyceae represent a group of unicellular eukaryotic organisms that have gained during their evolution the ability to photosynthesize. They aquired plastids via secondary endosymbiosis with a green alga as the plastid donor. Phylogenetic studies searching for the origin of this organelle revealed the green alga Pyramimonas parkeae from Prasinophytes as the closest known relative to euglenid plastids. Pyramimonas parkeae and Euglena share several genes clusters with unique order of genes in their plastid genomes, which also point to the Pyramimonadales as the donor of the plastids. However, it is posible, that organisms more closely related to euglenid plastids than P. parkeae, occur in the environment. In my diploma thesis I focused on the exploration of diversity of Pyramimonadales and Euglenophyceae in environmental samples. I used several approaches to perform this task. I amplified parts of the plastid genomes in environmental samples by using specific PCR and determined their position in the phylogenetic tree. I also made large-scale phylogenetic analyses based on 16S rRNA and 18S rRNA sequences from representatives of the groups Euglenophyceae, Prasinophytes and environmental samples. The results revealed the presence of a large number of environmental sequences relative to the...