Show simple item record

Studium konformací a konformačních změn proteinů metodami hmotnostní spektrometrie.
dc.creatorKádek, Alan
dc.date.accessioned2021-05-20T15:19:34Z
dc.date.available2021-05-20T15:19:34Z
dc.date.issued2016
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/74572
dc.description.abstractHmotnostně spektrometrické (MS) techniky si v průběhu posledních dvou desetiletí našly své trvalé místo mezi nástroji strukturní biologie. Kromě získání informace o primární sekvenci proteinů jsou stále častěji využívány i pro studium vyšší strukturní organizace bílkovin. Nedosahují sice atomárního prostorového rozlišení, jsou ale naopak prosty řady experimentálních omezení. MS strukturní techniky tak jsou schopny studovat molekuly za nativních podmínek v roztoku, jsou rychlé, mají nízkou spotřebu vzorku a jsou použitelné pro molekuly a jejich komplexy s velmi širokým rozsahem velikostí. Možná nejdůležitější je však jejich schopnost poskytnout informace o konformační dynamice proteinů, které tak mohou doplnit data získaná jinou strukturní technikou s vyšším prostorovým rozlišením v rámci integrativní strukturní biologie. V této disertační práci byla hlavní pozornost věnována technice vodík / deuteriové výměny v kombinaci s hmotnostní spektrometrií (HXMS), která je jednou z nejvíc rozšířených strukturních MS metod. Rekombinantně připravená aspartátová proteasa nepenthesin-1 z láčkovek rodu Nepenthes byla charakterizována, imobilizována a podrobně testována s cílem rozšířit portfolio proteas dostupných pro HXMS experimenty a zvýšit prostorové rozlišení této techniky. Po úspěšné implementaci do HXMS...cs_CZ
dc.description.abstractMass spectrometry (MS) techniques have, over the last twenty years, found their stable place in the structural biology toolkit. They are not only employed to provide information on the protein primary sequence, but are increasingly used to probe higher orders of protein structure as well. They may not boast the atomic resolution and the ability to directly provide structural coordinates, but on the other hand suffer from very few experimental limitations as they are able to work under native conditions in solution, provide data fast, with low sample consumption and for proteins and complexes of vastly differing sizes. Perhaps most importantly, they may often be employed to study conformational dynamics of proteins and can thus complement other methods with higher spatial resolution in integrative structural biology approaches. The main focus of this Ph.D. thesis was hydrogen / deuterium exchange coupled to MS (HXMS), which is one of the most widespread structural MS methods. Recombinantly produced aspartic protease nepenthesin-1 from Nepenthes pitcher plants was characterized, immobilized and extensively tested with the intention to expand the portfolio of aspartic proteases in HXMS workflow and to improve the spatial resolution of the technique. Following successful implementation of nepenthesin-1...en_US
dc.languageEnglishcs_CZ
dc.language.isoen_US
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.titleStudy of conformations and conformational changes of proteins using mass spectrometric methods.en_US
dc.typerigorózní prácecs_CZ
dcterms.created2016
dcterms.dateAccepted2016-11-29
dc.description.departmentKatedra biochemiecs_CZ
dc.description.departmentDepartment of Biochemistryen_US
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId185915
dc.title.translatedStudium konformací a konformačních změn proteinů metodami hmotnostní spektrometrie.cs_CZ
dc.identifier.aleph002116412
thesis.degree.nameRNDr.
thesis.degree.levelrigorózní řízenícs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemistryen_US
thesis.degree.disciplineBiochemiecs_CZ
thesis.degree.programBiochemistryen_US
thesis.degree.programBiochemiecs_CZ
uk.thesis.typerigorózní prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra biochemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Biochemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enBiochemistryen_US
uk.degree-program.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-program.enBiochemistryen_US
thesis.grade.csUznánocs_CZ
thesis.grade.enRecognizeden_US
uk.abstract.csHmotnostně spektrometrické (MS) techniky si v průběhu posledních dvou desetiletí našly své trvalé místo mezi nástroji strukturní biologie. Kromě získání informace o primární sekvenci proteinů jsou stále častěji využívány i pro studium vyšší strukturní organizace bílkovin. Nedosahují sice atomárního prostorového rozlišení, jsou ale naopak prosty řady experimentálních omezení. MS strukturní techniky tak jsou schopny studovat molekuly za nativních podmínek v roztoku, jsou rychlé, mají nízkou spotřebu vzorku a jsou použitelné pro molekuly a jejich komplexy s velmi širokým rozsahem velikostí. Možná nejdůležitější je však jejich schopnost poskytnout informace o konformační dynamice proteinů, které tak mohou doplnit data získaná jinou strukturní technikou s vyšším prostorovým rozlišením v rámci integrativní strukturní biologie. V této disertační práci byla hlavní pozornost věnována technice vodík / deuteriové výměny v kombinaci s hmotnostní spektrometrií (HXMS), která je jednou z nejvíc rozšířených strukturních MS metod. Rekombinantně připravená aspartátová proteasa nepenthesin-1 z láčkovek rodu Nepenthes byla charakterizována, imobilizována a podrobně testována s cílem rozšířit portfolio proteas dostupných pro HXMS experimenty a zvýšit prostorové rozlišení této techniky. Po úspěšné implementaci do HXMS...cs_CZ
uk.abstract.enMass spectrometry (MS) techniques have, over the last twenty years, found their stable place in the structural biology toolkit. They are not only employed to provide information on the protein primary sequence, but are increasingly used to probe higher orders of protein structure as well. They may not boast the atomic resolution and the ability to directly provide structural coordinates, but on the other hand suffer from very few experimental limitations as they are able to work under native conditions in solution, provide data fast, with low sample consumption and for proteins and complexes of vastly differing sizes. Perhaps most importantly, they may often be employed to study conformational dynamics of proteins and can thus complement other methods with higher spatial resolution in integrative structural biology approaches. The main focus of this Ph.D. thesis was hydrogen / deuterium exchange coupled to MS (HXMS), which is one of the most widespread structural MS methods. Recombinantly produced aspartic protease nepenthesin-1 from Nepenthes pitcher plants was characterized, immobilized and extensively tested with the intention to expand the portfolio of aspartic proteases in HXMS workflow and to improve the spatial resolution of the technique. Following successful implementation of nepenthesin-1...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemiecs_CZ
thesis.grade.codeU
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusU


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV