Mutační a substituční tempo u sexuálních a klonáních forem: možný klíč k vysvětlení persistence sexu u modelové skupiny sekavců?

Abstract

NÁZEV: Mutační a substituční tempo u sexuálních a klonáních forem: možný klíč k vysvětlení persistence sexu u modelové skupiny sekavců? AUTOR: Jan Röslein KATEDRA (ÚSTAV): Ústav živočišné fyziologie a genetiky AVČR, v.v.i. VEDOUCÍ PRÁCE: Mgr. Karel Janko, Ph.D. ABSTRAKT: Předmětem diplomové práce je testování několika hypotéz o evoluci asexuálního rozmnožování u modelové skupiny ryb rodu sekavec a jeho udržení při vzájemné kompetici sexuálních a asexuálních forem, čímž se dotkne jedné z nejstarších a zároveň nevyřešených otázek biologie. Konkrétně se práce zabývá otázkou akumulace nesynonymních mutací, jejichž zrychlená akumulace v genomu klonálních linií teoreticky vede ke zvýšené extinkci oproti sexuálně se množícím populacím (tzv. teorie Mullerovy rohatky a Kondrashovovy sekerky). Diplomová práce je založena na sekvenačních datech normalizované cDNA tkáně oocytů a jater, která posloužila jako základní matrice pro vytvořený transkriptom a dat nenormalizované cDNA sekvenace (RNAseq), jež posloužily k validaci získaných polymorfismů, detekci diferenciální exprese a alelově specifické exprese (ASE) hybridních biotypů. Diplomová práce tedy nastiňuje široké spektrum hypotéz týkajících se evoluce hybridních linií rodu sekavec, dále též následků, vlivů polyplidizace a hybridizace na transkriptom. Výsledky...

TITLE: Mutation and substitution rates in sexual and asexual forms: a clue to the persistence of sex in a model group of Cobitis? AUTOR: Jan Röslein DEPARTMENT: Ústav živočišné fyziologie a genetiky AVČR, v.v.i. SUPERVISOR: Mgr. Karel Janko, Ph.D. ABSTRACT: Subject of this thesis is to test several hypotheses about the evolution of asexual reproduction in model group of fish family Cobitis and its mutual competition among sexual and asexual forms, which touches one of the oldest unresolved issues of biology. Specifically, the work deals with the accumulation of non-synonymous mutations, which accelerated accumulation in the genome of clonal lineages theoretically leads to increased extinction compared with sexually reproducing populations (so-called. The theory of Muller's ratchet and Kondrashov's hatchet). This thesis is based on a normalized cDNA sequencing data from oocytes and liver tissue, which has served as a base matrix (generated based on non-normalized cDNA data) for transcriptome sequencing (RNAseq). Consequently, the RNAseq data have served as validation for acquired polymorphisms, detection of differential expression of allele- specific expression (ASE) hybrid biotypes. This diploma thesis balances among the edges of vast spectrum of hypotheses regarding the evolution of the genus hybrid...