dc.contributor.advisor | Šulc, Miroslav | |
dc.creator | Ptáčková, Renata | |
dc.date.accessioned | 2019-05-03T13:32:44Z | |
dc.date.available | 2019-05-03T13:32:44Z | |
dc.date.issued | 2015 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.11956/67026 | |
dc.description.abstract | A comprehensive understanding of physiological role of proteins requires knowledge of their three-dimensional structure, dynamics and protein-protein interactions. Chemical cross-linking in combination with mass spectrometry represents an alternative approach to standard methods for protein structure elucidation (X-ray crystalography, NMR spectroscopy) and enables characterization of interaction interface within protein complexes in their native states. The presented thesis is mainly focused on novel cross-linking methodology based on the in vivo incorporation of methionine analog with photo-reactive functional group (photo-Met) into the sequence of studied protein (so called protein photo-nanoprobe). Interaction between two molecules of 14-3-3zeta protein was used as a model to test and optimize the protein photo-nanoprobe production. The findings confirmed usefulness of this approach for mapping the protein-protein interactions. The photo-initiated cross-linking was used to detect the heterooligomeric membrane structures of cytochromes P450 2B4 and b5 and the molar ratio of cytochromes within individual complexes was assessed. The chemical cross-linking in combination with mass spectrometry was employed to characterize the interaction of their catalytic domains and two mutual orientations of... | en_US |
dc.description.abstract | K pochopení fyziologické funkce proteinů je nezbytná znalost jejich prostorového uspořádání, studium konformačních změn a vzájemných interakcí. Chemické zesítění v kombinaci s hmotnostní spektrometrií představuje vhodnou doplňkovou techniku k běžným metodám strukturní biologie (RTG krystalografie, NMR spektroskopie), která umožňuje charakterizovat interakce v komplexech bílkovin za nativních podmínek. Předkládaná práce je zaměřena především na novou síťovací techniku založenou na in vivo inkorporaci analogu methioninu s foto-reaktivní funkční skupinou (foto-Met) do sekvence studovaného proteinu (tzv. proteinová foto-nanosonda). Interakce modelové dimerní molekuly proteinu 14-3-3zeta byla použita pro testování a optimalizaci přípravy proteinové foto-nanosondy a byla tak ověřena využitelnost této techniky k zachycení protein-proteinových interakcí. Byla řešena také interakce membránových hemoproteinů - cytochromu P450 2B4 a cytochromu b5. S využitím chemického zesítění a MS analýzy byla charakterizována vzájemná interakce katalytických domén cytochromů a byly nalezeny dvě možné prostorové orientace cytochromů. Nově zavedená technika síťování pomocí foto-Met umožnila zachytit různé oligomerní stavy katalyticky aktivního membránového komplexu a byl stanoven molární poměr cytochromů v identifikovaných... | cs_CZ |
dc.language | Čeština | cs_CZ |
dc.language.iso | cs_CZ | |
dc.publisher | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.subject | protein-proteinové interakce,hmotnostní spektrometrie | cs_CZ |
dc.subject | chemické zesítění | cs_CZ |
dc.subject | proteinové foto-nanosondy | cs_CZ |
dc.subject | protein-protein interaction | en_US |
dc.subject | mass spectrometry | en_US |
dc.subject | chemical cross-linking | en_US |
dc.subject | protein photo-nanoprobes | en_US |
dc.title | Aplikační potenciál modifikačních metod (chemická činidla, foto-nanosondy) a hmotnostní spektrometrie pro studium struktury proteinů a jejich vzájemných interakcí | cs_CZ |
dc.type | dizertační práce | cs_CZ |
dcterms.created | 2015 | |
dcterms.dateAccepted | 2015-01-05 | |
dc.description.department | Department of Biochemistry | en_US |
dc.description.department | Katedra biochemie | cs_CZ |
dc.description.faculty | Faculty of Science | en_US |
dc.description.faculty | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.identifier.repId | 98914 | |
dc.title.translated | Application potential of modification approaches (chemical agents, photo-nanoprobes) and mass spectrometry to study protein structure and protein-protein interaction | en_US |
dc.contributor.referee | Levová, Kateřina | |
dc.contributor.referee | Osička, Radim | |
dc.identifier.aleph | 001928766 | |
thesis.degree.name | Ph.D. | |
thesis.degree.level | doktorské | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | - | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | - | en_US |
thesis.degree.program | Biochemie | cs_CZ |
thesis.degree.program | Biochemistry | en_US |
uk.thesis.type | dizertační práce | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-cs | Přírodovědecká fakulta::Katedra biochemie | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-en | Faculty of Science::Department of Biochemistry | en_US |
uk.faculty-name.cs | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
uk.faculty-name.en | Faculty of Science | en_US |
uk.faculty-abbr.cs | PřF | cs_CZ |
uk.degree-discipline.cs | - | cs_CZ |
uk.degree-discipline.en | - | en_US |
uk.degree-program.cs | Biochemie | cs_CZ |
uk.degree-program.en | Biochemistry | en_US |
thesis.grade.cs | Prospěl/a | cs_CZ |
thesis.grade.en | Pass | en_US |
uk.abstract.cs | K pochopení fyziologické funkce proteinů je nezbytná znalost jejich prostorového uspořádání, studium konformačních změn a vzájemných interakcí. Chemické zesítění v kombinaci s hmotnostní spektrometrií představuje vhodnou doplňkovou techniku k běžným metodám strukturní biologie (RTG krystalografie, NMR spektroskopie), která umožňuje charakterizovat interakce v komplexech bílkovin za nativních podmínek. Předkládaná práce je zaměřena především na novou síťovací techniku založenou na in vivo inkorporaci analogu methioninu s foto-reaktivní funkční skupinou (foto-Met) do sekvence studovaného proteinu (tzv. proteinová foto-nanosonda). Interakce modelové dimerní molekuly proteinu 14-3-3zeta byla použita pro testování a optimalizaci přípravy proteinové foto-nanosondy a byla tak ověřena využitelnost této techniky k zachycení protein-proteinových interakcí. Byla řešena také interakce membránových hemoproteinů - cytochromu P450 2B4 a cytochromu b5. S využitím chemického zesítění a MS analýzy byla charakterizována vzájemná interakce katalytických domén cytochromů a byly nalezeny dvě možné prostorové orientace cytochromů. Nově zavedená technika síťování pomocí foto-Met umožnila zachytit různé oligomerní stavy katalyticky aktivního membránového komplexu a byl stanoven molární poměr cytochromů v identifikovaných... | cs_CZ |
uk.abstract.en | A comprehensive understanding of physiological role of proteins requires knowledge of their three-dimensional structure, dynamics and protein-protein interactions. Chemical cross-linking in combination with mass spectrometry represents an alternative approach to standard methods for protein structure elucidation (X-ray crystalography, NMR spectroscopy) and enables characterization of interaction interface within protein complexes in their native states. The presented thesis is mainly focused on novel cross-linking methodology based on the in vivo incorporation of methionine analog with photo-reactive functional group (photo-Met) into the sequence of studied protein (so called protein photo-nanoprobe). Interaction between two molecules of 14-3-3zeta protein was used as a model to test and optimize the protein photo-nanoprobe production. The findings confirmed usefulness of this approach for mapping the protein-protein interactions. The photo-initiated cross-linking was used to detect the heterooligomeric membrane structures of cytochromes P450 2B4 and b5 and the molar ratio of cytochromes within individual complexes was assessed. The chemical cross-linking in combination with mass spectrometry was employed to characterize the interaction of their catalytic domains and two mutual orientations of... | en_US |
uk.file-availability | V | |
uk.publication.place | Praha | cs_CZ |
uk.grantor | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemie | cs_CZ |
thesis.grade.code | P | |
dc.identifier.lisID | 990019287660106986 | |