Show simple item record

Role of variable chains at the interface between subunits in forming ATP-binding pocket and function of P2X4 receptor
dc.contributor.advisorZemková, Hana
dc.creatorTvrdoňová, Vendula
dc.date.accessioned2019-05-03T17:13:07Z
dc.date.available2019-05-03T17:13:07Z
dc.date.issued2014
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/66996
dc.description.abstract7 ABSTRACT Crystallization of the zebrafish P2X4 receptor in both open and closed states revealed conformational differences in the ectodomain structures, including the dorsal fin and left flipper domains. The role of these domains in forming of ATP-binding pocket and receptor function was investigated by using alanine scanning mutagenesis of the R203- L214 (dorsal fin) and the D280-N293 (left flipper) sequences of the rat P2X4 receptor and by examination of the responsiveness to ATP and orthosteric analog agonists 2- (methylthio)adenosine 5'-triphosphate, adenosine 5'-(γ-thio)triphosphate, 2'(3'-O-(4- benzoylbenzoyl)adenosine 5'-triphosphate, and α,β-methyleneadenosine 5'- triphosphate. ATP potency/efficacy was reduced in 15 out of 26 alanine mutants. The R203A, N204A, and N293A mutants were essentially non-functional, but receptor function was restored by ivermectin, an allosteric modulator. The I205A, T210A, L214A, P290A, G291A, and Y292A mutants exhibited significant changes in the responsiveness to orthosteric analog agonists. In contrast, the responsiveness of L206A, N208A, D280A, T281A, R282A, and H286A mutants to analog agonists was comparable to that of the wild type receptor. These experiments, together with homology modeling, indicate that residues of the first group located in the upper part of...en_US
dc.description.abstract5 ABSTRAKT Krystalizace P2X4 receptoru (P2X4R) ze zebřičky ("zebra fish", zfP2X4) v uzavřeném a otevřeném stavu odhalila změny v konformacích ektodomény včetně změn v oblasti styčných ploch mezi levou ("left flipper"; LF) a hřbetní ("dorsal fin"; DF) ploutví. Roli těchto struktur ve formování ATP vazebné kapsy a funkci receptoru jsme zkoumali pomocí alaninové skenovací mutageneze úseků LF (D280-N293) a DF (R203-L214) potkaního P2X4R, a s využitím ATP a analogických agonistů 2-(methylthio)adenosin 5'- trifosfátu, adenosin 5'-(γ-thio)trifosfátu, 2'(3'-O-(4-benzoylbenzoyl)adenosin 5'- trifosfátu a α,β-methylenadenosin 5'-trifosfátu. Sníženou citlivost anebo účinnost ATP mělo 15 z 26 vytvořených mutací. Mutace R203A, N204A a N293A byly v podstatě nefunkční, ale jejich funkci bylo možné obnovit ivermektinem, alosterickým modulátorem P2X4R. Mutace I205A, T210A, L214A, P290A, G291A a Y292A měly změněnou odpověď na ATP a na analogické agonisty. Naproti tomu mutace L206A, N208A, D280A, T281A, R282A a H286A nevykazovaly ve srovnání s divokým typem receptoru žádnou změnu v odpovědích na ortosterické agonisty. Tyto pokusy, společně s homologním modelováním ukázaly, že aminokyseliny z první skupiny nacházející se v horní části obou řetězců LF a DF, se podílejí na přesné organizaci ATP-vazebné kapsy a iniciaci převodu...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectHEK293 buňkycs_CZ
dc.subjectpurinergní receptorycs_CZ
dc.subjectP2X4 receptorcs_CZ
dc.subjectmimobuněčný adenosin-5'-trifosfátcs_CZ
dc.subjectivermektincs_CZ
dc.subjectiontový kanálcs_CZ
dc.subjectdeaktivacecs_CZ
dc.subjectdesenzitizacecs_CZ
dc.subjectdilatace pórucs_CZ
dc.subjectvazebné místo pro ATPcs_CZ
dc.subjectzelený fluorescenční proteincs_CZ
dc.subjectmutagenezecs_CZ
dc.subjectEC50cs_CZ
dc.subjectHEK293 cellen_US
dc.subjectpurinergic receptoren_US
dc.subjectP2X4 receptoren_US
dc.subjectextracellular adenosin-5'-triphosphateen_US
dc.subjectivermectinen_US
dc.subjection channelen_US
dc.subjectdeactivationen_US
dc.subjectdilatationen_US
dc.subjectdesensitizationen_US
dc.subjectATP-binding siteen_US
dc.subjectgreen fluorescent proteinen_US
dc.subjectmutagenesisen_US
dc.subjectEC50en_US
dc.titleÚloha variabilních řetězců na rozhraní podjednotek ve formování ATP-vazebné kapsy a funkci P2X4 receptorucs_CZ
dc.typedizertační prácecs_CZ
dcterms.created2014
dcterms.dateAccepted2014-12-02
dc.description.departmentDepartment of Physiologyen_US
dc.description.departmentKatedra fyziologiecs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.identifier.repId93383
dc.title.translatedRole of variable chains at the interface between subunits in forming ATP-binding pocket and function of P2X4 receptoren_US
dc.contributor.refereeNovotný, Jiří
dc.contributor.refereeVlachová, Viktorie
dc.identifier.aleph001910702
thesis.degree.namePh.D.
thesis.degree.leveldoktorskécs_CZ
thesis.degree.discipline-cs_CZ
thesis.degree.discipline-en_US
thesis.degree.programFyziologie živočichůcs_CZ
thesis.degree.programAnimal Physiologyen_US
uk.thesis.typedizertační prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra fyziologiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Physiologyen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.cs-cs_CZ
uk.degree-discipline.en-en_US
uk.degree-program.csFyziologie živočichůcs_CZ
uk.degree-program.enAnimal Physiologyen_US
thesis.grade.csProspěl/acs_CZ
thesis.grade.enPassen_US
uk.abstract.cs5 ABSTRAKT Krystalizace P2X4 receptoru (P2X4R) ze zebřičky ("zebra fish", zfP2X4) v uzavřeném a otevřeném stavu odhalila změny v konformacích ektodomény včetně změn v oblasti styčných ploch mezi levou ("left flipper"; LF) a hřbetní ("dorsal fin"; DF) ploutví. Roli těchto struktur ve formování ATP vazebné kapsy a funkci receptoru jsme zkoumali pomocí alaninové skenovací mutageneze úseků LF (D280-N293) a DF (R203-L214) potkaního P2X4R, a s využitím ATP a analogických agonistů 2-(methylthio)adenosin 5'- trifosfátu, adenosin 5'-(γ-thio)trifosfátu, 2'(3'-O-(4-benzoylbenzoyl)adenosin 5'- trifosfátu a α,β-methylenadenosin 5'-trifosfátu. Sníženou citlivost anebo účinnost ATP mělo 15 z 26 vytvořených mutací. Mutace R203A, N204A a N293A byly v podstatě nefunkční, ale jejich funkci bylo možné obnovit ivermektinem, alosterickým modulátorem P2X4R. Mutace I205A, T210A, L214A, P290A, G291A a Y292A měly změněnou odpověď na ATP a na analogické agonisty. Naproti tomu mutace L206A, N208A, D280A, T281A, R282A a H286A nevykazovaly ve srovnání s divokým typem receptoru žádnou změnu v odpovědích na ortosterické agonisty. Tyto pokusy, společně s homologním modelováním ukázaly, že aminokyseliny z první skupiny nacházející se v horní části obou řetězců LF a DF, se podílejí na přesné organizaci ATP-vazebné kapsy a iniciaci převodu...cs_CZ
uk.abstract.en7 ABSTRACT Crystallization of the zebrafish P2X4 receptor in both open and closed states revealed conformational differences in the ectodomain structures, including the dorsal fin and left flipper domains. The role of these domains in forming of ATP-binding pocket and receptor function was investigated by using alanine scanning mutagenesis of the R203- L214 (dorsal fin) and the D280-N293 (left flipper) sequences of the rat P2X4 receptor and by examination of the responsiveness to ATP and orthosteric analog agonists 2- (methylthio)adenosine 5'-triphosphate, adenosine 5'-(γ-thio)triphosphate, 2'(3'-O-(4- benzoylbenzoyl)adenosine 5'-triphosphate, and α,β-methyleneadenosine 5'- triphosphate. ATP potency/efficacy was reduced in 15 out of 26 alanine mutants. The R203A, N204A, and N293A mutants were essentially non-functional, but receptor function was restored by ivermectin, an allosteric modulator. The I205A, T210A, L214A, P290A, G291A, and Y292A mutants exhibited significant changes in the responsiveness to orthosteric analog agonists. In contrast, the responsiveness of L206A, N208A, D280A, T281A, R282A, and H286A mutants to analog agonists was comparable to that of the wild type receptor. These experiments, together with homology modeling, indicate that residues of the first group located in the upper part of...en_US
uk.file-availabilityP
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra fyziologiecs_CZ
thesis.grade.codeP


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV