Studium celogenomové variability lidského cytomegaloviru.

Abstract

Tato práce je součástí projektu zabývající se variabilitou HCMV, jejímž dlouhodobým cílem je zmapovat geografické rozložení genotypů, zjistit vliv variability genotypů na průběh HCMV asociovaných onemocnění a vytipovat úseky genomu s potenciálním využitím pro diagnostiku a preventivní terapii. Práce je zaměřena na metodiku přípravy materiálu z klinických izolátů HCMV pro nově vyvinutou metodu celogenomového sekvenování (next-generation sequencing, NGS) a na postupy pro vyhodnocení získaných sekvenačních dat. V práci byly použity vzorky krve a moči od pacientů po transplantaci hematopoetických kmenových buněk a od kongenitálně infikovaných dětí. Vybrané vzorky vhodné pro NGS byly sekvenovány platformou Illumina a sekvence složeny postupem anglicky označovaným jako de novo assembly v kombinaci s mapping assembly. Vzorky moči ve srovnání s krví vykazovaly vyšší výtěžnost materiálu pro NGS. Ze vzorků pozitivních na HCMV DNA (7 z 50) po amplifikaci na tkáňových kulturách měl pouze jeden vysoký podíl virové buněčné DNA (98 %), u 6 vzorků činil tento podíl méně než 7 %. Ze vzorku obsahujícího 98% virové DNA byla vytvořena sekvence celého genomu a srovnána se sekvencemi dalších klinických izolátů z Belgie v 11 polymorfních oblastech. Analýza těchto oblastí ukázala, že pouze 2 izoláty vykazují shodu ve...

This work is part of a project focused on the study of the variability of human cytomegalovirus (HCMV) among clinical isolates with the aim to map the geographical distribution of HCMV genotypes, reveal the relationships between genotypes and the severity of HCMV-associated diseases, and identify regions in the HCMV genome with a potential for use as diagnostic and therapeutic targets. Attention was paid to the development of the methodology for the preparation of the material for next-generation sequencing (NGS) from HCMV clinical isolates and evaluation of the obtained sequencing data. Blood and urine samples collected from hematopoietic stem cell transplantat recipients and congenitally infected children were analyzed. Samples suitable for NGS were sequenced by the Illumina platform and sequences were created by de novo assembly followed by mapping assembly. Urine samples in comparison to blood samples had higher yield of material for NGS. Of the samples positive for HCMV DNA (7 of 50) after amplification in the cell cultures, only one sample had high purity of the viral DNA (98%) while six samples had purity of less than 7%. The sample containing 98% of the viral DNA was fully sequenced and the sequence was compared to the sequences of other clinical isolates from Belgium in 11 polymorphic...