Studium interakce mezi DNA a transkripčními faktory pomocí hmotnostní spektrometrie.
Study of the interaction between DNA and transcription factors using mass spectrometry.
diplomová práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/63438Identifikátory
SIS: 142909
Kolekce
- Kvalifikační práce [19612]
Autor
Vedoucí práce
Konzultant práce
Mrázek, Hynek
Oponent práce
Obšil, Tomáš
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Biochemie
Katedra / ústav / klinika
Katedra biochemie
Datum obhajoby
25. 5. 2015
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Čeština
Známka
Výborně
Klíčová slova (česky)
transkripční faktor, hmotnostní spektrometrie, vodík, deuteriová výměna, chemické sítění, protein-DNA interakce, FOXO4Klíčová slova (anglicky)
transcription factor, mass spectrometry, hydrogen, deuterium exchange, chemical cross-linking, protein-DNA interaction, FOXO4Transkripční faktory hrají v rámci buňky i celého mnohobuněčného organismu zásadní regulační úlohu. Důležitým faktorem, je jejich schopnost interagovat s ostatními regulačními proteiny a DNA. Přesto, že rozsáhlá část této interakční sítě je již zmapována, detailních informací o struktuře a dynamice protein-proteinových a protein-DNA komplexů je dosud velmi málo. V této práci jsme se zaměřili na možnosti studia konformačních změn daných tvorbou komplexu transkripčního faktoru s DNA pomocí strukturních metod hmotnostní spektrometrie: vodík/deuteriové výměny a chemického sítění. Jako modelový transkripční faktor jsme vybrali FOXO4, jehož DNA vazebná doména je strukturně dobře charakterizovaná jak ve volné formě, tak v komplexu s DNA (In Czech).
Transcription factors play crucial regulatory role within the cell and the entire multicellular organism. The important factor is its ability to interact with other regulatory proteins and DNA. Despite the fact that a large part of the interaction network is already documented, detailed information on the structure and dynamics of protein-protein and protein-DNA complexes is still scarce. In this thesis we focused on the possibility of studying conformational changes given by the transcription factor-DNA complex formation using the methods of structural mass spectrometry: hydrogen/deuterium exchange and chemical crosslinking. As a model, we chose a transcription factor FOXO4 which DNA binding domain is structurally well characterized both in free form and in the complex with DNA.