Studium interakce mezi DNA a transkripčními faktory pomocí hmotnostní spektrometrie.

Abstract

Transkripční faktory hrají v rámci buňky i celého mnohobuněčného organismu zásadní regulační úlohu. Důležitým faktorem, je jejich schopnost interagovat s ostatními regulačními proteiny a DNA. Přesto, že rozsáhlá část této interakční sítě je již zmapována, detailních informací o struktuře a dynamice protein-proteinových a protein-DNA komplexů je dosud velmi málo. V této práci jsme se zaměřili na možnosti studia konformačních změn daných tvorbou komplexu transkripčního faktoru s DNA pomocí strukturních metod hmotnostní spektrometrie: vodík/deuteriové výměny a chemického sítění. Jako modelový transkripční faktor jsme vybrali FOXO4, jehož DNA vazebná doména je strukturně dobře charakterizovaná jak ve volné formě, tak v komplexu s DNA (In Czech).

Transcription factors play crucial regulatory role within the cell and the entire multicellular organism. The important factor is its ability to interact with other regulatory proteins and DNA. Despite the fact that a large part of the interaction network is already documented, detailed information on the structure and dynamics of protein-protein and protein-DNA complexes is still scarce. In this thesis we focused on the possibility of studying conformational changes given by the transcription factor-DNA complex formation using the methods of structural mass spectrometry: hydrogen/deuterium exchange and chemical crosslinking. As a model, we chose a transcription factor FOXO4 which DNA binding domain is structurally well characterized both in free form and in the complex with DNA.