Molecular mechanism of DNA regulatory segment recognition by MADS box family transcription factors
Molekulární mechanismy rozpoznání regulačního úseku DNA transkripčními faktory z rodiny MADS-BOXU
dizertační práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/63378Identifikátory
SIS: 71321
Kolekce
- Kvalifikační práce [11196]
Autor
Vedoucí práce
Konzultant práce
Kopecký, Vladimír
Oponent práce
Jelínek, Otakar
Manfait, Michel
Fakulta / součást
Matematicko-fyzikální fakulta
Obor
Biofyzika, chemická a makromolekulární fyzika
Katedra / ústav / klinika
Fyzikální ústav UK
Datum obhajoby
23. 9. 2014
Nakladatel
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Prospěl/a
Klíčová slova (česky)
MADS box, optická spektroskopie, faktorová analýza, interakce protein-DNA, tyrosinKlíčová slova (anglicky)
MADS box, optical spectroscopy, factor analysis, protein-DNA interaction, tyrosineDisertační práce se zabývá fyzikálně-chemickými vlastnostmi vazebné domény MADS box transkripčních faktorů, významnými pro tvorbu komplexů s regulačním segmentem DNA obsahujícím CArG box. Studium probíhalo i na modelových oligopeptidech, vybraných kratších segmentech MADS boxu a jejich analozích s bodovou mutací. Byla využitá široká škála spektroskopických technik, jmenovitě absorpční, fluorescenční a Ramanova spektroskopie a spektroskopie cirkulárního dichroismu. Ke zpracování dat byly použity pokročilé postupy včetně multivariačních metod. Tři tyrosiny MADS boxu, nacházející se v okolí aminokyselin s různým nábojem a hydrofobicitou, byly využity jako vnitřní spektroskopické sondy. Výsledkem práce jsou charakteristiky strukturního uspořádání, flexibility a acidobasických rovnováh MADS boxu a jeho vybraných segmentů.
The thesis deals with physico-chemical properties of the MADS box, binding domain of transcription factors, which are important for the formation of complexes with the DNA regulatory segment bearing the CArG box. The study was performed also on model oligopeptides, selected segments of the MADS box and their analogues with a point mutation. A wide range of spectroscopic techniques was employed, namely absorption, circular dichroism, fluorescence and Raman spectroscopies. Advanced approaches including multivariate methods were used for data processing. The three tyrosines of the MADS box located in amino-acid vicinities of different charge and hydrophobicity, were used as intrinsic spectroscopic probes. The obtained characteristics of the MADS box and its segments structural arrangement, flexibility and acid-base equilibria are the main results of the work.