Strukturní charakterizace interakce Nkr-p1f/Clrg

Abstract

NK buňky jsou řazeny mezi lymfocyty, které se účastní primární odpovědi imunitního systému na viry infikované a nádorové buňky. Současně produkují cytokiny a zapojují se do tvorby sekundární imunitní odpovědi spolu s T a B lymfocyty. Tato diplomová práce se zabývá studiem struktury a interakce membránového receptoru Nkr-p1f spolu s ligandem Clr-g. Receptor Nkr-p1f má aktivační funkci a je schopen zahájit cytotoxickou funkci NK buněk. Trojrozměrná struktura byla vyřešena u homodimeru Clr-g, ale jeho interakce s receptorem dosud ne. Cílem práce bylo připravit produkční vektor celé extracelulární části receptoru Nkr-p1f a provést produkci Nkr-p1f a Clr-g v prokaryotickém expresním systému. Následně provést renaturaci a purifikaci proteinů in vitro. Tímto způsobem připravené proteiny byly analyzovány elektroforeticky a hmotnostní spektrometrií. Jejich interakce byla sledována biofyzikální metodou, povrchovou plasmonovou rezonancí (SPR). Avšak interakce mezi nimi nebyla technikou SPR odhalena.

NK cells are ranked among lymphocytes, which are involved in primary immune responses to virus infected and tumour cells. They produce cytokines at the same time and are involved in the formation of secondary immune responses together with T and B lymphocytes. This diploma thesis is engaged in the study of the structure and interaction of the transmembrane receptor Nkr-p1f with its ligand Clr-g. This receptor Nkr-p1f has an activation function and is able to initiate the cytotoxic function of the NK cells. The three-dimensional structure has been solved as a Clr-g homodimer, but its interaction with the Nkr-p1f receptor remains mysterious. The aim was to prepare an expression vector coding the entire extracellular region of the receptor NKR-P1F and carry out the production of the receptor Nkr-p1f and Clr-g in prokaryotic expression system, subsequently renaturation and purification of the proteins in vitro. This way prepared proteins were analyzed by electrophoresis and mass spectrometry. Their interaction was studied with biophysical method, surface plasmon resonance (SPR). However, the interaction between them was not revealed by SPR technology. (In Czech)